Atac-seq技术基于转座酶与DNA结合并转座到暴露的染色质区域的原理。转座酶是一种可以特异性地结合到一些DNA序列并切割DNA的酶,常用的转座酶是Tn5转座酶。通过将DNA与转座酶一起处理,可以将转座酶结合到染色质上的暴露区域。 Atac-seq的实验步骤如下: 1.细胞固定和裂解:首先,将待研究的细胞固定在生长条件下,并用...
相比起来,ATAC-seq 是用 Tn5 转座酶,操作起来也更加简单,重复性好,而且最重要的一点是实验只需要很少的细胞/组织量,出来的信号也更加漂亮,所以 ATAC-seq 目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 ATAC-seq 技术 ATAC-seq 技术用到了一个转座酶 Tn5:DNA 转座是一种由 DNA 转座酶介导,把 DNA 序列从染色体...
ATAC-seq是一种结合了转座酶和高通量测序的技术。其基本原理是利用转座酶对染色质进行切割,识别并切割开放染色质区域的DNA,然后对这些切割后的DNA片段进行建库和测序。通过对测序数据进行生物信息学分析,研究人员可以识别基因组中染色质开放的区域,进而推断出转录因子结合位点和调控元件。 ATAC-seq技术的应用范围广泛,它...
而这也就是ATAC-seq的原理。 ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 其原理是利用转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,将转座DNA设计为接头,随机插入染色质的开放...
ATAC-seq的基本原理是利用转座子(Transposase)引入的突变和细胞内核酸的高敏感性,来检测和梳理细胞内基因组的易转移位点结构、可表达区域结构以及基因组加工和表观遗传调控。 目前,ATAC-seq一般会利用Tn5转座子(transposase)对细胞内基因组DNA断开,然后将这些断开的DNA片段与倍半稀释的双链DNA序列相结合,然后用酶将...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性核染色质区域进行测序分析,是一种表观遗传学研究技术。通过ATAC-seq测序可以得到全基因组范围内的染色质可及性图谱,获得所有活跃的调控序列,如潜在的活跃转录因子及靶基因。
ATAC-seq是一种研究表观遗传的创新型技术,它是一种在全基因组水平上通过高度活跃的Tn5转座酶作为探针,切割DNA序列来定位染色质可及性的方法(Buenrostro et al., 2013)(图2)。DNA转座是DNA转座子在DNA转座酶的辅助下,从染色体的一个区域转移到另一个区域的现象(Chuong et al., 2017)。DNA转座子要求插入位点...
首先,我们先简单聊一下ATAC-Seq的技术原理:ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是一种利用转座酶研究染色质可接近性的高通量测序技术。 我们都知道,真核生物的DNA并不是裸露的,而是由组蛋白与之结合。DNA缠绕在组蛋白上,形成串珠式结...