相比起来,ATAC-seq 是用 Tn5 转座酶,操作起来也更加简单,重复性好,而且最重要的一点是实验只需要很少的细胞/组织量,出来的信号也更加漂亮,所以 ATAC-seq 目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 ATAC-seq 技术 ATAC-seq 技术用到了一个转座酶 Tn5:DNA 转座是一种由 DNA 转座酶介导,把 DNA 序列从染色体的一个
单细胞ATAC-seq原理 ATAC-seq技术利用转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,在切割获取DNA的同时加入接头,经过PCR扩增后即可进行高通量测序,获得全基因组范围内开放染色质的序列信息(图1)。 图1 转座酶Tn5作用示意图 单细胞ATAC-seq测序则是在此基础上与单细胞技术联合起来,例如联合单细胞组合标记测序技术(single-ce...
单细胞ATAC-seq原理 ATAC-seq技术利用转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,在切割获取DNA的同时加入接头,经过PCR扩增后即可进行高通量测序,获得全基因组范围内开放染色质的序列信息(图1)。 图1 转座酶Tn5作用示意图 单细胞ATAC-seq测序则是在此基础上与单细胞技术联合起来,例如联合单细胞组合标记测序技术(single-ce...
使用ATAC-Seq技术我们可以解决多种问题,如重大疾病发病机制研究;寻找疾病的染色质开放区域差异;研究转录因子结合调控的差异;识别发育过程中的新型增强子;进行核小体定位等。 另外,该技术还可以与其它技术联合使用,比如与ChIP-seq相结合,使用后者来验证通过ATAC-Seq预测得到的转录因子潜在结合区域。又或者可以与转录组测序...
Atac-seq技术基于转座酶与DNA结合并转座到暴露的染色质区域的原理。转座酶是一种可以特异性地结合到一些DNA序列并切割DNA的酶，常用的转座酶是Tn5转座酶。通过将DNA与转座酶一起处理，可以将转座酶结合到染色质上的暴露区域。Atac-seq的实验步骤如下：1.细胞固定和裂解：首先，将待研究的细胞固定在生长条件下，并...
ATAC-seq是一种研究表观遗传的创新型技术，它是一种在全基因组水平上通过高度活跃的Tn5转座酶作为探针，切割DNA序列来定位染色质可及性的方法(Buenrostro et al., 2013)（图2）。DNA转座是DNA转座子在DNA转座酶的辅助下，从染色体的一个区域转移到另一个区域的现象(Chuong et al., 2017)。DNA转座子要求插入...
ATAC-seq是通过使用高通量测序对转座酶可接近染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。真核生物的DNA并不是裸露的,而是被包装成核小体形成串珠状结构并进一步被折叠、包装。而基因的转录...
ATAC-Seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)即染色质可及性高通量测序技术,其原理主要基于转座酶可以特异性地结合在染色质开放区域这一特性,具体如下: 1. 染色质开放区域与转座酶的结合。 染色质的结构是动态变化的,在基因组中,有一些区域的染色质结构较为松散,处于开放状...
2018年10月,10X Genomics单细胞ATAC-seq解决方案正式推出,该技术基于10X Genomics Chromium平台,可用于绘制细胞染色质开放区的单细胞图谱,是一种单细胞水平研究表观遗传学的有效手段。 图12. 10X Genomics scATAC-seq的原理 6.2 10X Genomics...