利用ATAC-seq方法,结合癌症基因组图谱研究的现有数据,研究人员在410例囊括23种癌症类型的冷冻样本中,定位了562,709个可重复、转座酶可接近的染色质可及性位点。泛癌分析发现的染色质可及性峰值中,约有三分之二与过去发现的调控元件信息一致,表明ATAC-seq技术能够很好的重现过去的研究发现,同时还能发现大量新的染色质...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing),即利用转座酶探究可接近性染色质高通量测序技术。该技术通过转座酶对特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。因此,ATAC-seq得到的是全基因组尺度上处于开放状态的染色质区域,并且通过分...
ATAC-seq技术原理示意图 酶切片段长度分布 由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-...
ATAC-seq技术原理示意图 酶切片段长度分布 由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-...
图1 ATAC-seq示意图 带有测序接头(红色和蓝色)的Tn5转座酶(绿色),只插入开放染色质区域。 ATAC-seq技术路线 图2 ATAC-seq技术路线图 样本和测序要求 样本类型:来源于培养细胞、全血及动植物组织的细胞样本; 推荐生物学重复数量:2-4个 测序策略:PE150 ...
02 技术路线 03 研究成果 1、苹果可及染色质区景观与表型 作者将苹果(GL3)幼苗组织培养植株进行12天的干旱处理(DGL3);处理后的叶片明显表现出缺水下垂表型(图1A)。然后作者使用DGL3和GL3叶片进行ATAC-seq和RNA-seq(图1B)。结果显示,干旱组和对照组开放染色质的分布相似,只有几个不同的区域。差异开放染色质峰...
10X单细胞ATAC-seq技术路线 首先利用转座酶孵育细胞核,形成片段化DNA; 其次利用“双十字”微流体系统形成单细胞核的GEM(Gel bead in EMulsion),此时每一个GEM中10X Barcodes序列是相同且特异的(Barcodes被密集连接在Gel bead上,通过Barcodes序列可以区分不同细胞核); ...
ATAC-seq 是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,再通过聚类分析,挖掘这些开放位点的潜在结合转录因子,结合基因表达水平数据,发现关键的调控转录因子。 ATAC...
10X单细胞ATAC-seq技术路线 首先利用转座酶孵育细胞核,形成片段化DNA; 其次利用“双十字”微流体系统形成单细胞核的GEM(Gel bead in EMulsion),此时每一个GEM中10X Barcodes序列是相同且特异的(Barcodes被密集连接在Gel bead上,通过Barcodes序列可以区分不同细胞核); ...
染色质的这种特性叫做染色质的可接近性(chromatin accessibility),通过研究细胞特定状态下开放的染色质区域可以在DNA水平上了解其转录调控,ATAC-seq就应用于此。 ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,染色质易开放区域测序)利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序...