相比起来,ATAC-seq 是用 Tn5 转座酶,操作起来也更加简单,重复性好,而且最重要的一点是实验只需要很少的细胞/组织量,出来的信号也更加漂亮,所以 ATAC-seq 目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 ATAC-seq 技术 ATAC-seq 技术用到了一个转座酶 Tn5:DNA 转座是一种由 DNA 转座酶介导,把 DNA 序列从染色体...
也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞/组织量,同时出来的信号更加漂亮。目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 ATAC反应原理图 ATAC-seq技术流...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing)是一种用于探究染色质开放性区域的技术,该技术利用Tn5转座酶接近核小体疏松区域切割暴露的DNA,获得开放的染色质区段(Open Chromatin),通过高通量测序及生物信息学分析来挖掘潜在的活跃转录因子及其靶基因,以此探究生物学相关问题。 图...
也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞/组织量,同时出来的信号更加漂亮。目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 ATAC反应原理图 ATAC-seq技术流...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体的结构。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之相结合的。DNA一圈一圈地缠绕在组蛋白上,形成串珠式的结构。每一...
另一个思路是,通过ATAC-seq技术检测染色质开放区域的DNA,初步看一下分布在基因启动子区域的差异peak,随后进行RNA-seq实验,对差异peak注释基因与RNA差异表达基因的交集进行功能分析,以揭示其潜在的生物学功能,最终,结合实验进行验证,以确保研究结果的准确性。
ATAC-seq是一种研究表观遗传的创新型技术，它是一种在全基因组水平上通过高度活跃的Tn5转座酶作为探针，切割DNA序列来定位染色质可及性的方法(Buenrostro et al., 2013)（图2）。DNA转座是DNA转座子在DNA转座酶的辅助下，从染色体的一个区域转移到另一个区域的现象(Chuong et al., 2017)。DNA转座子要求插入...
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。
因此，在开始今天的内容之前，我们先回顾一下ATAC-seq技术。在基因组DNA没有发生改变的情况下，研究基因功能发生可遗传的变化并最终导致表型变化的原因是表观遗传学的主要内容，其中许多与复杂性状相关的遗传变异优先位于易接近的染色质区域（染色质可及性或开放性）。ATAC-seq是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf...
更进一步，单细胞ATAC-seq则是在单个细胞水平上检测染色质可及性，这意味着我们可以看到每一个细胞内基因的开关状态，从而揭示不同细胞类型在不同条件下的独特基因表达模式。二、单细胞ATAC测序的技术原理 那么，这项技术是如何工作的呢？想象一下，我们有一个神奇的小工具，叫做转座酶（transposase），它可以找到那些...