相比起来,ATAC-seq 是用 Tn5 转座酶,操作起来也更加简单,重复性好,而且最重要的一点是实验只需要很少的细胞/组织量,出来的信号也更加漂亮,所以 ATAC-seq 目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 ATAC-seq 技术 ATAC-seq 技术用到了一个转座酶 Tn5:DNA 转座是一种由 DNA 转座酶介导,把 DNA 序列从染色体...
ATAC-Seq的优势 在ATAC-Seq技术被开发出来以前,有几种常用的研究开放染色质的方法,比如MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq等。但这些技术有明显的不足之处,比如需要的细胞数量非常大,实验过程繁琐,且测序得到的数据覆盖范围相对ATAC-Seq要少等。所以后来才研发了新技术-ATAC-Seq。相比来讲,ATAC-Seq起始的细胞量低,...
相比起来,ATAC-seq 是用 Tn5 转座酶,操作起来也更加简单,重复性好,而且最重要的一点是实验只需要很少的细胞/组织量,出来的信号也更加漂亮,所以 ATAC-seq 目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 ATAC-seq 技术 ATAC-seq 技术用到了一个转座酶 Tn5:DNA 转座是一种由 DNA 转座酶介导,把 DNA 序列从染色体...
10X Genomics单细胞ATAC-seq技术具有许多其他平台无法比拟的优势: 低成本,相较于其他单细胞核捕获平台,价格大幅降低; 通量大,8通道微流体系统,每个通道可以处理500-10000个细胞核; 效率高,细胞核捕获率超过65%; 短周期,1h即可完成Tn5转座酶对染色质开放区域的切割; 兼容性高,10X ATAC文库可同时兼容NovaSeq, HiSeq...
第一篇关于研究免疫细胞分化过程的，16年发表在Immunity上的，IF=24.08CD8+ T细胞在急性、慢性病毒侵染后会分化为不同下游细胞：effector, memory、exhausted以及effector、memory的前体细胞，采用ATAC-seq技术，检测这些细胞的染色质开放区域，将不同细胞之间及和原始CD8+ T细胞进行比较，得到CD8+ T细胞在病毒侵染后分化...
通过使用这种称为转录索引ATAC-seq(T-ATAC-seq)的方法,研究人员鉴定了永生化白血病T细胞,健康志愿者的原代人T细胞和来自患者样品的原代白血病T细胞的表观基因组特征。2017年,中国科学技术大学瞿昆教授等利用ATAC-seq技术,首次揭示了T细胞淋巴瘤(CTCL)的表观遗传调控机制。作者分析了111个人皮肤T细胞淋巴瘤患者和对照样本...
1. ATAC-seq技术对低至500个细胞的实验有效 相对于ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq等染色质开放区信息的探索技术,ATAC-seq技术的优势在于所需细胞量较低,而且信噪比高、特异性强、耗时短(约3h)。 图4. ATAC-seq与DNase-seq、MNase-seq的性能对比(2013,William J) ...
ATAC-seq 与其他染色质开放性检测技术相比,具有操作简单、省时省力、无需抗体富集、样本起始量低等显著优势。 单细胞测序技术优势 单细胞测序技术作为微量细胞、稀少样本、细胞异质性的完美解决方法,自技术推出以来,已广泛应用于肿瘤、免疫、发育、神经、微生物等研究领域。细胞异型性...
ATAC-seq，即通过测序来检测转座酶可及染色质，是一种新颖的全基因组染色质开放区域研究技术。相较于传统方法，ATAC-seq在操作简便、无需交联、信噪比高、对样品量要求低等方面具有显著优势。众多实验室开始将ATAC-seq与RNA-seq及表观遗传学数据结合，以实现更准确的基因差异表达与调控关系分析。ATAC-seq...