通常ATAC-seqQC是指在生信分析前期对于数据质量的控制,但是由于测序成本相对来说还是比较高昂的,在送测序前对文库进行质控可以节约测序的时间和成本,我们把ATAC文库的质控分为两个部分,测序前以及生信分析前期,来帮助研究人员们更好的把控ATAC-seq数据的质量。 一、测序前的质量控制 下面是关于测序前质控的一些经验。
通常ATAC-seqQC是指在生信分析前期对于数据质量的控制,但是由于测序成本相对来说还是比较高昂的,在送测序前对文库进行质控可以节约测序的时间和成本,我们把ATAC文库的质控分为两个部分,测序前以及生信分析前期,来帮助研究人员们更好的把控ATAC-seq数据的质量。 一、测序前的质量控制 下面是关于测序前质控的一些经验。
ATAC-Seq是一种高通量测序技术，用于研究染色质的开放性状态，即哪些区域可以接触并响应转录因子等调控蛋白的调控。其分析干货主要包括以下几点：数据质量控制、峰识别与注释、染色质开放性区域的分析及基因调控网络的构建。二、详细解释：1. 数据质量控制：这是ATAC-Seq分析的第一步，目的是确保数据的准确...
ATAC-seq+RNA-seq: 一般来说,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,但是差异基因富集出来的基因通路只是一种相关性。想要分析出其中是谁调控了目的基因,就可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找潜在的调控因子,然后再进行后续的实验验证或者chip-seq的验证。 +HiC: 对于一些想了解染色质高级结构对生命行为的作用的时候,通常...
FRiP是一个重要的质量控制指标，用于衡量在转录启动子区域(peak)内的测序读数比例。其计算方法基于两个数值：peak区域内的总读数（分子）与所有比对到参考基因组上的总读数（分母）。FRiP score的值越高，说明样本中在peak区域的测序数据覆盖率越好。理解FRiP的命令执行涉及到bedtools的基本操作。首先，使用...
数据预处理步骤分为:质量控制,原始序列比对,比对后去除重复序列和细胞器序列。当然在这之前,先得做一下准备工作,创建工作环境,从SRA下载数据并进行数据解压。 # 创建项目文件下 mkdir -p ATAC-Seq/{data/raw_data,analysis,script,ref} # 使用sra-tool prefetch下载数据, 数据保存在~/ncbi/public/sra ...
fastqc提供了原始测序得到数据的质量分析控制。有基本的比如每一个base pair的测序质量如何。 也有进阶的比如分析library complexity。具体的文档可以看这里:https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 关于library complexity,得多说两句,一般好的ChIP-Seq或者ATAC-Seq样本的library complexity值都会高(...
2、ATAC-seq文库的质量控制 作者强烈建议通过低深度测序(每样本5万到10万条读对)来确定最终ATAC-seq文库的质量。ATAC-seq文库生成的成功与否取决于四个关键因素: (i)转座酶插入在已知染色质可及区域的富集程度(信噪比) (ii)唯一片段的总数(文库复杂度) ...
ATAC-seq文库质检 真核生物染色质的基本结构单位是核小体，由147bp的DNA缠绕在组蛋白八聚体上，由20-90bp的DNA linkers链接。染色质DNA与组蛋白的紧密或松散缠绕状态控制基因表达。开放染色质区域允许转录启动子和增强子与DNA结合，激活转录；而封闭染色质区域则隐藏启动子和增强子，抑制转录过程。ATAC-...
一种大批量单细胞atac-seq测序数据质量控制和分析方法,该方法包括以下步骤: 第一步、原始测序文件的fastq格式或者比对完的sam/bam格式作为输入文件,运行相关命令。 第二步、测序片段水平和多细胞水平的质量控制: 第三步、单个细胞层面的质量控制:第四步、细胞聚类和细胞特异峰的探测: ...