ChIP-Seq/CUT-TAG/ATAC-Seq数据质量评估方法 网上流程化(从官网翻译下来的)的分析流程也很多,照着跑一般都能跑通,但到手的结果质量如何,是否合格或者是否存在更佳的比对结果,使得后续分析更容易找到差异信息,这就考验分析人员对软件和数据的理解程度了,这里我谈一下数据从下机到比对和比对后质检要注意的地方以及如...
CUT&Tag文库质检 在CUT&Tag实验步骤中,没有细胞裂解步骤来分离细胞核。 完整的细胞首先与磁性ConcanavalinA珠结合,再将一抗与DNA上的组蛋白标记或转录因子目标结合,然后结合二抗以增加信号,并用连有adapter的pA-Tn5来靶向二抗使其切割该位置的DNA。 与ATAC-Seq不同的是,CUT&Tag文库不会有那么多的小片段,因为pA-...
建议在细胞离心过程中,将EP管统一方向并标记细胞沉积位置,在沉淀对立面轻轻弃去上清,实验操作过程中避免剧烈涡旋振荡。 ②不需要很纠结文库产出,能够达到上机标准的产出,且文库峰型符合ATAC文库峰型,便可以上机测序。增加扩增循环数,反而会导致dup偏高。 ATAC文库在进行质检时,文库呈现什么样的分布是正常的分布? 转座酶...
ATACseq和CUT&Tag文库质控的关键点主要包括以下几点：片段大小分析：使用DNA片段分析仪检查文库片段分布。推荐的检测方法分辨率应小于1000bp，以准确评估片段大小和峰形。ATACseq文库质检：预期片段大小主要在200bp至1000bp之间，大部分在600bp以下。片段大小分布受到细胞类型、活性、数量及Tn5与DNA比例等因素的...
图3 ATAC-seq文库质检图 2百迈客测序数据在TSS附近富集评估结果 我们绘制每个基因的TSS上下游3 kb区间的测序Reads的密度分布图,并将结果以热图的形式呈现如下: 图4 ATAC-seq数据在TSS附近的分布密度图 3全基因组Peak关联基因筛选 我们根据Peak区域与基因组上各基因功能元件的距离关系...
CUT&Tag文库质检 在CUT&Tag实验步骤中,没有细胞裂解步骤来分离细胞核。 完整的细胞首先与磁性ConcanavalinA珠结合,再将一抗与DNA上的组蛋白标记或转录因子目标结合,然后结合二抗以增加信号,并用连有adapter的pA-Tn5来靶向二抗使其切割该位置的DNA。 与ATAC-Seq不同的是,CUT&Tag文库不会有那么多的小片段,因为pA-...
CUT&Tag文库质检 CUT&Tag实验步骤中没有细胞裂解步骤，完整细胞与磁性ConcanavalinA珠结合，一抗与DNA上组蛋白标记或转录因子目标结合，二抗增强信号，连有adapter的pA-Tn5靶向二抗切割DNA。与ATAC-seq相比，CUT&Tag文库的片段通常较少，因为pA-Tn5只在抗体结合的地方进行切割。文库分析中通常观察到单核小...
第一部分是比对、过滤和重复率质检结果,包括Table2 、Figure1和Figure2。Table 2主要给出了比对质量和重复率,因为BAM文件是过滤后的,所以这里Dup%都是0. Table 2 Total Dup%-Percentage of all mapped reads which are marked as duplicates. Pass MapQ Filter%-Percentage of all mapped reads whichpass MapQ ...
第一部分是比对、过滤和重复率质检结果,包括Table2 、Figure1和Figure2。 Table 2主要给出了比对质量和重复率,因为BAM文件是过滤后的,所以这里Dup%都是0. Table 2 Total Dup%-Percentage of all mapped reads which are marked as duplicates. Pass MapQ Filter%-Percentage of all mapped reads whichpass MapQ...
(4)经过质检后,对文库片段进行上机测序和分析,富含Tn5转座事件的基因组区域被指定为染色质可及性区。 图2. ATAC-seq建库主要步骤 图3. Tn5转座酶建库过程详细图解 ATAC-seq技术有什么优势? 传统研究染色质可及性的实验方法主要是有MNase-seq、DNase-seq和FAIRE-seq,不过这些方法存在重复性差、实验周期长和背景高...