缠绕核小体 DNA 约 147bp 与相邻核小体连接的 DNA 约 20-90bp. 加上测序接头等约 135bp 长度会达到 200bp 左右,因此最后文库片段长度可能是 200-1000bp 左右,并且主要的部分在 600bp 一下,但 ATACseq 建库片段分布可能因为样本类型、细胞数量、处理过程等有关,也许文库片段分布有所差异。 文库质控 原始fas...
华大基因依托BGISEQ-500平台强大的测序实力,推出性价比超高的表观组学研究利器ATAC-Seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using Sequencing)。该技术通过改造后活性极高的转座酶介导,对染色质结构开放区域进行捕获测序,仅需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息,广泛应用于转录因子结合分析、核小体定位、...
ATAC-seq建库 研究人员发现,整个转座子序列并不是转座必须的,只需转座子的末端核心序列(OE/IE/ME,具体序列如图Fig 2),转座酶便能将该部分序列插入并连接至基因组内[4];根据这个原理,将测序接头序列加入末端核心序列中,可简捷地引入测序接头,完成文库构建。传统建库方式需要经过DNA片段化、末端修复、接头连接、文...
此研究中,scNanoATAC-seq 文库的读取长度中位数范围为4000 bp至4900 bp。研究者使用转录起始位点(TSS)富集、片段数和读端的分数(FRIP)评估了scNanoATAC-seq方法产生的数据的质量。 GM12878细胞的scNanoATAC-seq读取端在TSS周围显示出强...
优势:使用细胞数较少;使用ATAC-seq识别全基因组上的开放染色质区域,在调控区域识别核小体结合和核小体游离位置,寻找全基因组范围内蛋白质可结合位点的信息,寻找不知道的特定转录因子;使用“footprint”推断dna结合蛋白在b细胞系中的位置。 ChIP-seq:一种针对DNA结合蛋白,组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。根...
数据来源 质量控制前后都需要可视化，肯定是fastqc+multiqc 缠绕核小体 DNA 约 147bp 与相邻核小体连接的 DNA 约 20-90bp. 加上测序接头等约 135bp 长度会达到 200bp 左右，因此最后文库片段长度可能是 200-1000bp 左右，并且主要的部分在 600bp 一下，但 ATACseq 建库片段分布可能因为样本类型...
片段通常较少，因为pATn5只在抗体结合的地方进行切割。观察到单核小体和寡核小体的等梯度片段，峰与峰间隔频率约为150200 bp。文库挽救方案：若文库片段过长，可通过SPRI珠去除大片段。使用不同稀释度的pATn5进行实验，筛选最佳比例。文库产量：ATACseq文库从50,000100,000个新鲜细胞开始，可产出400600 ...
与ATAC-Seq不同的是,CUT&Tag文库不会有那么多的小片段,因为pA-Tn5只在抗体结合的地方进行切割。 由于相邻核糖体之间的峰-峰距离,在文库分析中通常会观察到单核小体和寡核小体的片段呈等梯度出现。 DNA上adapter的长度为135bp,而核小体间隔约150-200bp,在检测结果中的体现就是峰与峰之间的间隔频率约为150-...
atac-seq技术的核心是通过转座子将开放的染色质区域进行标记,因此转座子的插入效率直接影响到实验结果的可信度。在进行样本文库构建时,需要对转座子的插入效率进行评估,通常可以通过PCR扩增和定量PCR等方法进行。 3. 文库大小选择 文库大小选择的合理性对于atac-seq实验的结果有着重要的影响。文库大小的选择应基于研究...
1.文库复杂度:指的是文库中DNA序列的复杂程度,一定的文库复杂度对后期测序数据的分析尤为重要,复杂度高的文库测序得到的数据重复读数少,可以带来更多有意义的信息,反之,低复杂度的文库在信号读取时往往产生簇信号混杂,易产生低质量的测序数据。 文库复杂度与Input样本质量、文库的转化率、文库扩增时循环数有关。当文...