6.使用OMEGA PCR产物纯化试剂盒纯化上清(这个试剂盒回收的片段在200bp以上,正好保留住扩增产物,并过滤掉残留的引物片段,这是平时做实验看说明书找到的灵感,建议大家做实验也多看看说明书,就算有人带着做,最后也自己再看一遍。); 7.30ul ddH2O溶解回收纯化产物,取3ul进行凝胶电泳检测(加入等体积的1/3甘油作为Loadi...
ATAC-seq 技术关键 样本准备 细胞活性 建议细胞活性>90%,可以使用台盼蓝染色,进行细胞活力检测;实验过程中对细胞的操作应尽量轻柔,以保持细胞的活性。生长状态不佳或死亡的细胞中,蛋白质与DNA结合的状态会发生改变,甚至蛋白脱落,变成裸露的DNA,转座子随机切割可能产生较强的背景噪音,影响实验结果。 细胞投入量与扩增...
本ATAC-seq试剂盒优化了反应体系和实验操作流程,文库时间更短(仅需3小时)即可完成文库构建,起始样本要求更低,抗体投入量更少,文库产量更高等优点,是表观遗传学研究技术的又一研究利器,目前已开放GeneRulor Transposome和ATAC-seq的试用申请,欢迎查询采购和申请免费试用。
Assay for Transposase-Accessible Chromatin(ATAC-seq)是美国 Stanford 大学的 William Greenleaf 教授在 2013 年利用 DNA 转座酶结合高通量测序技术,研究染色体的可及性的方法。ATAC-seq 技术是利用 Tn5 转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,再通过高通量测序获得在该特定时空下基因组中 所有活跃转录的...
ATAC-Seq实验流程分为两步：首先裂解细胞以产生纯核，然后使用Tn5转座酶标记NGS接头，将接头整合到开放的染色质区域。此过程可生成适用于高通量测序分析的文库。在癌症研究中，ATAC-Seq已被用于研究Polycomb Repressed Complex 1（PRC1）在乳腺癌中对染色质状态的影响。实验表明，RING1B（PRC1复合物成员）...
常见的染色质开放区主要是基因上游的启动子和远端的调控元件比如增强子和沉默子,而ATAC-seq可以识别染色质的开放区,因此,ATAC-seq可以帮助识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子。 6.4 多组学联用 ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息,RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息,将两个组学数据联合分析,...
尝试到此。建立了atac-seq的索引。 3、将重复序列的文件与转录因子进行比较。 我想画得一张图是,比如行是转录因子,列是重复序列的家族。 cp/home/xxzhang/workplace/project/geneRegion/repeat_interest.bed ./catrepeat_interest.bed |sed's/\s/\t/g'|bgzip -c >Hs_repeat.bed.gz ...
从上面的实验流程也可以看出,ATAC-seq中比较重要的步骤是细胞悬液制备和提取完整的细胞核,在细胞裂解和提取细胞核过程中,线粒体DNA可能会与染色体DNA一起被提取和处理,从而引入线粒体污染。线粒体是没有组蛋白保护的,容易被Tn5转座酶切割,同时线粒体的拷贝数也比染色体高很多,如果线粒体在实验过程中没有去除,很...
方法/步骤 1 10x单细胞ATAC-seq实验流程首先，将转座酶加入制备好的单细胞核悬液进行反应。随后，利用8通道的微流体双十字交叉系统将含Barcode的Gel Beads、细胞核和酶的混合物、油三者结合形成GEMs。在GEMs中，凝胶珠溶解释放大量barcode序列，DNA延伸带上barcode序列，并进行线性扩增。最后，进行illumina的文库构建。2...
图9. ATAC-seq与Fluidigm C1单细胞平台整合的实验流程[14] 作者首先对254个类淋巴母细胞进行了单细胞ATAC测序,将这些单细胞数据合并分析后得到的结果与群体细胞DNase-seq或ATAC-seq获得的染色质可及性图谱具有很高的相关性,单细胞水平的数...