(注:在后续的实验中,我发现9,10步骤虽然能提取特别完整和纯净的细胞核使用的,但会导致提取到的细胞核总量骤减,低细胞核量对后续Tn5孵育得到的产物量影响较大,得不偿失,如果无特别需要,建议不进行9,10两步;建议改为用不含TritonX-100的NEB2清洗一次即可。) 11.1000g,4℃,离心15min(管底见白色沉淀); 12.5ml...
(5)保持反应管始终置于磁力架上,加入200μl新鲜配制的80%乙醇漂洗磁珠,室温孵育30sec,小心移除上清。 (6)重复步骤5,总计漂洗两次。 (7)保持反应管始终置于磁力架上,开盖空气干燥约5min。 (8)将反应管从磁力架上取出,加入22 μl Nuclease-free ddH2O洗脱。涡旋振荡或使用移液器吹打10次充分混匀,室温孵育5mi...
高质量的细胞核是实验成功的基础,也是染色质开放性实验最关键的步骤。 2. 片段化 打断基因组,获取目的片段。此模块需包含一个孵育测序接头的转座酶,近岸蛋白ATAC-seq实验方案2.0内含特殊优化的转座体,灵敏度更高,可实现500-50,000个细胞建库,下机数据分布清晰、信噪比高、特异性强。 图4 染色质开放性检测试验结果...
Atac-seq的实验步骤如下: 1.细胞固定和裂解:首先,将待研究的细胞固定在生长条件下,并用低渗溶液裂解细胞膜。 2.转座酶处理:将Tn5转座酶与转座酶适配剂一起加入到细胞裂解液中,使其与DNA结合。这样转座酶可以在暴露的染色质上结合并切割DNA。 3.DNA片段化:用碱性条件(碱性缓冲液)将DNA进行片段化处理,产生大约...
ATAC-seq 实验流程 一般来说包括以下几个步骤: 细胞核制备 片段化及 DNA 提取 PCR 扩增 文库纯化 高通量测序 数据分析 ATAC-seq 技术的优势 所需细胞量较低,而且信噪比高、特异性强、耗时短 满足动物、植物、人等样本的要求,具有很好的物种适应性
从上面的实验流程也可以看出,ATAC-seq中比较重要的步骤是细胞悬液制备和提取完整的细胞核,在细胞裂解和提取细胞核过程中,线粒体DNA可能会与染色体DNA一起被提取和处理,从而引入线粒体污染。线粒体是没有组蛋白保护的,容易被Tn5转座酶切割,同时线粒体的拷贝数也比染色体高很多,如果线粒体在实验过程中没有去除,很...
到这里的话,就是完成学习的步骤,能够看得懂代码,并且出错之后,能够基础报错修改代码。 awk -v FS="\t" '{print $1,"\t"$3,"\t" $2,"\t"$5,"\t"$6,"\t"$7,"\t"$4,"\t"$1."_sort_peaks.narrowPeak.bed"}' TF_human_data_information.txt >TF_human_data_information_v4.txt ...
同时,建库过程也不包含任何的片段长度筛选,可以同时检测开放的DNA区域和被核小体占据的区域。据悉,我国伯豪生物自主研发的临床样本保存液完美实现样本处理后任何时间、从任何地点寄送至实验室;累计制备30余种组织类型的单细胞样本,细胞活力平均9...
方法/步骤 1 10x单细胞ATAC-seq实验流程首先，将转座酶加入制备好的单细胞核悬液进行反应。随后，利用8通道的微流体双十字交叉系统将含Barcode的Gel Beads、细胞核和酶的混合物、油三者结合形成GEMs。在GEMs中，凝胶珠溶解释放大量barcode序列，DNA延伸带上barcode序列，并进行线性扩增。最后，进行illumina的文库构建。2...