ATAC-seq的主要作用不包括()A.测序染色质开放区B.寻找潜在调控蛋白C.鉴定开放区的互作D.揭示基因表达调控机制
通过三种不同的组学方法(ATAC-seq、RNA-seq 和蛋白质组学),鉴定了转录因子PPARα可能在肾脏代偿性肥大的过程中发挥重要的调节作用,肾脏中内源性PPARα配体水平的显著增加,可能是PPARα激活的潜在机制,接着通过在小鼠体内进行PPARα激动剂处理和基因敲除进行验证,证明了PPARα是近端小管细胞大小的重要调节因子。
ATAC-seq/ChIP-seq | ChIP-Seq技术在实验之前就有一个明确感兴趣的转录因子,也就是研究者需要对某个表观遗传学机制所起的作用有一个初步的想法,然后根据目标转录因子设计抗体去做ChIP实验拉到与其结合的DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq技术没有落脚到具体哪个转录因子,也就是不涉及某个...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。 真核生物的DNA并不...
在这篇文章中,作者为了探究肾脏代偿性肥大的信号机制,构建了单侧肾切除的小鼠模型,通过三种不同的组学方法(ATAC-seq、RNA-seq 和蛋白质组学),鉴定了转录因子PPARα可能在肾脏代偿性肥大的过程中发挥重要的调节作用,肾脏中内源性PPARα配体水平的显著增加,可能是PPARα激活的潜在机制,接着通过在小鼠体内进行PPARα激...
利用ATAC-seq对正常和缺水条件下的RNAi个GL-3植物进行检测,GL-3在缺水处理前后有17,010个差异可及性区域(DARs),而正常和缺水条件下RNAi和GL-3之间分别有6,436和7,369个DARs,且主要在启动子区富集(图4B),说明MdRAD5B可以调节干旱胁迫下染色质的可及性。7,369个DARs被进一步注释到5,815个基因,它们参与激素...
通过对ATAC-seq获得的DARs进行KEGG富集分析,1-MCP处理下番木瓜果实中上调DARs主要富集光合作用以及氧化磷酸化途径,其次是RNA聚合酶和脂肪酸代谢途径(Fig. 3A)。下调的DARs主要富集在了植物激素信号转导途径(Fig. 3B)。1-MCP处理16h引起的异常成熟样品的上调DARs富集到膜运输和转录机制 (Fig. 3C);下调的DARs富集在...
利用ATAC-seq对正常和缺水条件下的RNAi个GL-3植物进行检测,GL-3在缺水处理前后有17,010个差异可及性区域(DARs),而正常和缺水条件下RNAi和GL-3之间分别有6,436和7,369个DARs,且主要在启动子区富集(图4B),说明MdRAD5B可以调节干旱胁迫下染色质的可及性。7,369个DARs被进一步注释到5,815个基因,它们参与激素...