ATAC-seq用于研究染色质的开放状态,以识别基因调控区域、转录因子结合位点等。tn5酶的双功能使其能够快速构建ATAC-seq文库,提供高质量的数据。除了ATAC-seq,tn5酶还用于其他染色质可及性分析技术,如DNase-seq和MNase-seq。它帮助研究人员了解染色质的结构和可及性。 ATAC-seq技术的核心原理是利用转座酶(Transposase)...
很多实验室纷纷使用ATAC-seq 与 RNA-seq, 及epi-genomics的数据结合在一起分析,以达到更加准确地分析基因差异表达与调控关系的目的。 ATAC-seq的分析方法是建立在对ATAC-seq原理的理解之上的。现在很多流行的ATAC-seq分析的流程多半是直接将ChIP-seq的流程拿过来稍做甚至不做修改就直接使用在ATAC-seq上,这显然是应...
该工具还具有新颖的分析功能,可将开放的染色质信息作为二进制数据进行处理,并在保持数据的二进制特性的同时校正批次效应。这使得Scasat在分析单细胞ATAC-seq数据方面优于其他工具。 Scasat还成功应用于公开可用的数据集,显示其用于处理和分析使用不同协议和平台生成的单细胞ATAC-seq数据集的总体效用。该工具的成功实施...
ATAC-seq通过使用过度活跃的Tn5转座酶探测开放染色质来识别可访问的DNA区域，该转座酶将测序适配器插入基...
第五讲——ATAC-seq和CUT&Tag原理与分析, 视频播放量 3667、弹幕量 3、点赞数 34、投硬币枚数 25、收藏人数 175、转发人数 34, 视频作者 菲沙基因, 作者简介 以生物信息学助推生命科学的研究,以基因组医学促进人类健康的发展;,相关视频:第六讲——ATAC-seq上机操作,第
对于ATAC-seq测序结果的fastq文件，与其它测序结果类似，经过fastqc进行序列质量分析、去杂、去除接头、比对、去除重复后，我们得到bam文件。接下来的工作分为两个问题：一是开放区域，二是核小体位置。对于大多数分析研究，人们只对开放区域感兴趣，因为这些区域可能是启动子或增强子区域。核小体位置问题的...
一、答案：ATAC-Seq是一种高通量测序技术，用于研究染色质的开放性状态，即哪些区域可以接触并响应转录因子等调控蛋白的调控。其分析干货主要包括以下几点：数据质量控制、峰识别与注释、染色质开放性区域的分析及基因调控网络的构建。二、详细解释：1. 数据质量控制：这是ATAC-Seq分析的第一步，目的是确保...
ATAC-seq可用来鉴定重要转录因子、生成转录因子结合区域的特征、生成表观基因组图谱、在不同组织或条件下对应可及性区域、得到核小体位置等。此外，数据处理解读部分包括质控、peak calling和可视化，用于分析数据。ATAC-seq在应用中往往与其他测序技术结合使用，如与RNA-seq联用进行组合分析，可以优先于RNA-...
收集片段化的DNA用于后续分析。ATAC-seq最重大的创新是Tn5转座酶的应用：Tn5转座酶的转座活性较低。为了...
所以ATAC-seq footprints可以帮助我们查看转录因子在全基因组上结合的状态，主要应用于研究细胞重编程机制，染色质重塑因子，表观修饰对疾病的作用域、T细胞耗竭等等。数据处理解读部分包括Peak calling和Visualisation。Peak calling是用软件MACS统计检测染色质开放区域，一般会有一个山谷般的峰。Visualisation部分...