5、ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简便,而且只需要很少的细胞/组织量,同时测序信号更加好。 6、单细胞测序技术是近几年研究的热点,通过对单细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq等技术无法进行单细胞测序,而ATAC-seq经过实验验证是可以进...
ATAC-seq技术操作步骤简单,细胞投入量少,适用范围广,是研究染色质可及性常用的实验手段。然而,该技术受到细胞核制备质量的限制,因此,获取背景干净的完整细胞核是关键前提。相较于动物细胞,植物与真菌细胞具有细胞壁结构,部分物种的细胞壁坚韧且成分复杂,剧烈的破壁方法可能会破坏细胞核完整性,而温和的方法又无法使细胞...
首先，我们要分析拟南芥干细胞和叶肉细胞的ATAC-seq数据，为了保证环境一致性，我们将在独立的conda环境atac_test中操作。对于新手，我会特别强调软件安装的便捷工具，例如使用“软件管家”。环境创建和数据下载是基础，我们将在Windows上利用Linux子系统进行，具体如下：创建并激活环境：conda create -n atac...
5.分析参数：在进行peak calling、差异分析等步骤时，使用的软件和算法不同，导致结果存在偏差。6.生物...
atac seq数据分析一问就够下 stata数据分析 提示:文章写完后,目录可以自动生成,如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录 一、面板数据基本概念 二、STATA长面板数据分析步骤 1.数据导入与处理 2.描述性统计 3.单位根检验 4.协整检验 5.模型的筛选 6.模型的检验...
Tips:ATAC-seq整体实验操作过程并不复杂,但需注意一些细节和技巧。以下操作与原作protocol基本一致,但有所改进,有效提高建库成功率。 一、细胞收集与裂解 按常规方法计数,在1.5ml离心管中收集大约50000细胞;以500×g的转速于4℃条件下离心5分钟。 大约50-100μl预冷PBS缓冲液洗涤一次;以500×g的转速,4℃条件下离...
高通量测序:使用Illumina等平台进行测序,获取ATACseq数据。 2.4数据分析 质量控制:去除低质量序列和PCR重复。 峰值识别:利用特定算法识别开放染色质区域(峰值)。 功能注释:将峰值与基因注释数据库比对,解析其功能意义。 3️⃣ATAC近岸技术应用与注意事项 3.1应用领域 发育生物学:研究不同发育阶段基因表达调控的变化。
根据ATAC-seq的实验原理,call peak 时,可以进行Tn5边界调整,将bed文件上下游各移动75bp,从而直接进行calling,而不用再进行reads延伸[1],具体call peak操作可以往下看。 #CollectInsertSizeMetrics,使用picard工具统计插入片段长度,获得的插入片段统计文件java-Xmx25g-XX:ParallelGCThreads=4-jar CollectInsertSizeMetrics....
经过Tn5转座酶的处理，切切切，然后粘贴粘贴粘贴。需要注意的是ATAC-seq也可以剪掉核小体的区域。即作用...
【Nature Protocols:单细胞ATAC-seq操作指南】O网页链接 //@来邦网:【Cell:在体单细胞的染色体开放性分析】小鼠组织中的单细胞中,染色体的开放性有怎样的特点?研究者通过sci-ATAC-seq,对13种成体小鼠组织的十万单细胞进行染色体开放性分析,请看 O网页链接 ...