蛋白质的功能通常与其相互作用的伙伴密切相关。通过分析PPI网络,我们可以推断一个未知蛋白质的功能,并为后续实验提供指导。其次,PPI网络分析还可以帮助我们识别关键的调控通路和靶点。在许多疾病中,蛋白质相互作用的异常可能是病理过程的关键因素。通过分析PPI网络,我们可以找到与疾病相关的节点和模块,并设计针对性的治疗...
用户可以通过STRING数据库的官方网站(https://string-db.org/)访问该数据库,并使用搜索工具输入感兴趣的蛋白质或者基因的名字,将会得到与查询结果相关的蛋白质相互作用网络和其他相关信息,而用户也可以上传自己的数据集进行网络分析。 可以利用蛋白的名称,序列等多种格式进行检索,输入基因sysmbol 也是可以的。对于单个...
具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能的潜在相互作用,并构建了蛋白质相互作用网络表示出来,目的是描述这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、...
具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能的潜在相互作用,并构建了蛋白质相互作用网络表示出来,目的是描述这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、...
图8.文件输出 图9.输出展示(PNG格式) 总结 利用STRING数据库进行蛋白质相互作用(PPI)分析可以帮助我们更好地理解蛋白质在细胞内的相互作用关系,从而揭示生物学过程的机制和调控方式。其丰富的内容收录、个性化的图文展示方式,多样化的导出形式以及免费的在线使用,无疑是科研的好帮手!发布...
STRING数据库简介STRING（Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins）是一个在线的生物信息学数据库，旨在提供基因和蛋白质相互作用的信息。该数据库整合了多种数据来源，包括实验室实验、文献报道和计算预测，以提供全面的相互作用网络。STRING数据库还提供了许多工具和功能，例如基因和蛋白质注释、...
在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可...
蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理...
在检测过程中,将PPI探针与细胞或组织样本中的蛋白质混合,亲和标签与目标蛋白质特异性结合,蛋白质亲和标签与亲和标签相互作用,从而形成蛋白质-亲和标签-蛋白质亲和标签的三元复合物。通过检测检测标签的信号强度和分布,可以分析目标蛋白质的表达水平和定位,以及与其他蛋白质的相互作用。
蛋白质互作网络分析 我们接下来介绍蛋白质互作网络的分析,STRING 是一个已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用的数据库。这种相互作用包括直接的(物理的)和间接的(功能的)关联; 它们来源于计算预测,来源于生物体之间的知识转移,以及来自其他(主要的)数据库的相互作用。