在这里,作者描述了一个为预测PPI量身定制的通用DL平台,即蛋白质-蛋白质相互作用的层次图神经网络(HIGH-PPI)。HIGH-PPI使用底部蛋白质内部视图GNN(BGNN)和顶部蛋白质外部视图GNN(TGNN)对结构蛋白质表示进行建模。在底视图中,HIGH-PPI通过将氨基酸残基视为节点,将物理邻接视为边来构建蛋白质图。因此,BGNN以协同方式...
蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理...
但是使用最多的还是蛋白质互作网络（protein protein interaction network，PPI network），而基于STRING数据...
确定了可靠的PPI数据后,可以开始进行PPI网络的构建和分析。目前,PPI网络的研究主要集中在三个方面:节点度分布、模块发现和网络特征分析。 节点度分布是指网络中节点的度数分布情况。它是PPI网络结构中最基本的特征之一,可以用来探究网络的紧密程度和复杂度。例如,在一些PPI网络中,节点度数分布呈现幂律分布,说明其中存在...
本节就让小编带大家认识STRING数据库的蛋白质相互作用(PPI)网络分析,以下简称PPI网络。类似地,以给定的一串基因名称列表为例进行搜索。 1、准备输入数据 假设我们同样基于表达谱数据获得了一些差异表达的基因列表,现在有待于识别这些基因间的关系。考虑到编码基因发挥作用的最终形式是以蛋白功能实现的,因此就通过STRING数...
由于新蛋白之间的相互作用是主要的瓶颈,要求评估框架的测试集Xtest满足条件|XBS| << |XES|+|XNS|,为了达到这一效果,论文提出通过在PPI网络中使用 BFS 或 DFS 构建测试集。通过在PPI网络中使用广度优先搜索(BFS)算法得到是彼此紧密互动,在PPI网络中以集群的形式存在的蛋白质。通过在PPI网络中使用深度优先搜索(...
用cytoscape构建作用网 cytoscape是常见的构建PPI网的软件，它就是用先前实验得到的数据进行构图，下载链接...
本节就让小编带大家认识STRING数据库的蛋白质相互作用(PPI)网络分析,以下简称PPI网络。类似地,以给定的一串基因名称列表为例进行搜索。 1、准备输入数据 假设我们同样基于表达谱数据获得了一些差异表达的基因列表,现在有待于识别这些基因间的关系。考虑到编码基因发挥作用的最终形式是以蛋白功能实现的,因此就通过STRING数...
PPI 及其数学描述对于从其他纳米级构建块(包括但不限于脂质、糖、聚合物、纳米级缀合物和无机纳米粒子)创建蛋白质类似物也是必不可少的。学界已采用许多策略来解码主要针对分子尺度数据和氨基酸序列的 PPI。 高通量实验技术如双杂交筛选、串联亲和纯化和质谱已被用于创建蛋白质相互作用网络。然而,对这些传统方法准确...
蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)是蛋白质功能的关键,探究PPI网络的构成及其特点对于理解蛋白质分子的基本功能机理具有重要意义。因此,对于PPI网络的构建及分析方法的研究已经成为了生命科学中的一个热点研究领域。 一、蛋白质相互作用的检测方法 在实验上,通常利用生物分子亲和层析法、荧光共振能量转移法...