本文作者使用 iPSC 衍生出的兴奋性 iNs、相互作用蛋白质组学和计算方法，为ASD 相关的基因构建脑细胞类型特定的 PPI 网络。ASD相关基因和蛋白质在诱导神经元中表达 利用已有的24 个 ASD 相关基因为工作流程的起点，作者在 iNs 中生成 ASD PPI 网络（图1A），本文将它们及其编码的蛋白质分别称为索引基因（index ...
在这里,作者描述了一个为预测PPI量身定制的通用DL平台,即蛋白质-蛋白质相互作用的层次图神经网络(HIGH-PPI)。HIGH-PPI使用底部蛋白质内部视图GNN(BGNN)和顶部蛋白质外部视图GNN(TGNN)对结构蛋白质表示进行建模。在底视图中,HIGH-PPI通过将氨基酸残基视为节点,将物理邻接视为边来构建蛋白质图。因此,BGNN以协同方式...
由于新蛋白之间的相互作用是主要的瓶颈,要求评估框架的测试集Xtest满足条件|XBS| << |XES|+|XNS|,为了达到这一效果,论文提出通过在PPI网络中使用 BFS 或 DFS 构建测试集。通过在PPI网络中使用广度优先搜索(BFS)算法得到是彼此紧密互动,在PPI网络中以集群的形式存在的蛋白质。通过在PPI网络中使用深度优先搜索(DFS...
蛋白质相互作用网络的构建和分析 蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)是生物学研究中的一个重要方向,因为它涉及到了复杂的生物过程中蛋白质之间的相互作用、信号传递、代谢途径、疾病机理等多个层面。为了研究这些生物过程,如何构建和分析蛋白质相互作用网络是非常关键的。 一、蛋白质相互作用网络的构建 ...
用cytoscape构建作用网 cytoscape是常见的构建PPI网的软件，它就是用先前实验得到的数据进行构图，下载链接...
确定了可靠的PPI数据后,可以开始进行PPI网络的构建和分析。目前,PPI网络的研究主要集中在三个方面:节点度分布、模块发现和网络特征分析。 节点度分布是指网络中节点的度数分布情况。它是PPI网络结构中最基本的特征之一,可以用来探究网络的紧密程度和复杂度。例如,在一些PPI网络中,节点度数分布呈现幂律分布,说明其中存在...
理解蛋白质相互作用(Protein-Protein Interaction, PPI)对于揭示细胞内的生物过程和疾病的发生机制至关重要。为了更好地阐明蛋白质相互作用网络,研究人员开发了多种实验技术,其中交联质谱(Cross-Linking Mass Spectrometry, XL-MS)因其可以...
理解蛋白质相互作用(Protein-Protein Interaction, PPI)对于揭示细胞内的生物过程和疾病的发生机制至关重要。为了更好地阐明蛋白质相互作用网络,研究人员开发了多种实验技术,其中交联质谱(Cross-Linking Mass Spectrometry, XL-MS)因其可以提供高分辨率的结构信息,在蛋白质相互作用研究中发挥了重要作用(Nature Methods :...
蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)是蛋白质功能的关键,探究PPI网络的构成及其特点对于理解蛋白质分子的基本功能机理具有重要意义。因此,对于PPI网络的构建及分析方法的研究已经成为了生命科学中的一个热点研究领域。 一、蛋白质相互作用的检测方法 在实验上,通常利用生物分子亲和层析法、荧光共振能量转移法...
关注生信文章的小伙伴应该常见到通过构建蛋白质相互作用(PPI网络)来筛选hub基因,那就不得不用到STRING数据库。 STRING数据库作为一个综合性的数据库,在蛋白质相互作用网络研究中发挥着重要作用。小云今天将从功能介绍、使用方法和结果解读等方面对STRING数据库进行详细介绍,以便更好地了解STRING数据库在生信分析中的应用...