可信的PPIs通常表现为在遗传研究中属于同一生物学系统、定位于同一细胞内区室,或在不同细胞类型和干扰条件下表达量高度相关。最常见的验证方法是免疫沉淀-免疫印迹法(IP-Westerns),但这种方法无法排除PPIs是否由其他蛋白或核酸介导。此外,FRET和BRET、近距离连接检测(PLA)以及生物素标记技术(如BioID和TurboID)等方法也...
蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)对于多种细胞性过程至关重要,为药物靶点发现提供了一个有前景的途径。PPIs的特征是多层次的复杂性:在蛋白质层面,可以利用相互作用网络来识别潜在的靶点;而在残基层面,可以利用单个PPIs的相互作用细节来检查一个靶点的可药性。在通过多层次PPI相关的计算方法进行靶点发现方面,已经取得了巨大...
多层次研究涉及使用蛋白质层面的分析来选择特定的相互作用进行研究,然后使用残基层面的分析来阐明它们的结合细节以评估其可药性,这强调PPIs的多层次性质的方法对于药物靶点的发现至关重要。 在这里,作者对不同规模的工具进行系统评估,这些工具用于发现与PPIs相关的药物靶点(见图1b)。最初,作者强调了PPIs的多层次组织结...
生物功能是通过生物分子之间的相互作用和化学反应来实现的。其中,蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)可以说是人体最重要的分子事件之一,是疾病治疗干预的重要来源。在文章工作中PPI封装了一个双视图层次:在顶视图中,蛋白质相互作用;在底视图中,关键氨基酸或残基组合形成重要的局部结构域。按照这种逻辑,生物学家通常采用分层方...
其中,蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)可以说是人体最重要的分子事件之一,是疾病治疗干预的重要来源。在文章工作中PPI封装了一个双视图层次:在顶视图中,蛋白质相互作用;在底视图中,关键氨基酸或残基组合形成重要的局部结构域。按照这种逻辑,生物学家通常采用分层方法来理解PPI。按照这一逻辑,生物学家经常采取分层次的方法...
利用该新型XL-MS标准,研究团队开发了Scout,一种基于人工神经网络的XL-MS数据分析搜索引擎。Scout在处理MS-可裂解交联剂生成的数据时表现出了高效和精确。Scout通过多层次的FDR过滤,在交联谱匹配(CSMs)、独特残基对(ResPairs)及蛋白质相...
蛋白质相互作用（PPIs）在许多生理和病理过程中起着关键作用。上游信号分子可以诱导PPI的信号级联，最终旨在调节各种细胞过程，如增殖，侵袭和凋亡。然而，人体细胞内蛋白质之间的异常相互作用会导致多种疾病，尤其是肿瘤形成。例如，肿瘤抑制因子p53及其阴性介质小鼠双分钟2（MDM2）对肿瘤发展至关重要。MDM2通过物理结合p53...
近日,四川大学华西医院生物治疗国家重点实验室孙秋/王贯团队在《 Acta Pharmaceutica Sinica B》在线发表文章“Small molecules targeting protein‒protein interactions for cancer therapy”,从多个方面全面梳理了PPIs小分子调节剂的发现与开发,重点阐述了PPIs在疾病中的应用、药物设计与发现策略、构效关系、固有困境以及...
细胞功能受到蛋白质、核酸及其相互作用的严格调节,包括蛋白质-蛋白质相互作用(Protein–protein interactions,PPIs)、蛋白质-RNA相互作用和蛋白质-DNA相互作用。分子相互作用网络是大多数生物过程的核心,它们的失调与多种人类疾病有关,包括癌症、免疫紊乱和神经退行性变,因此阐明蛋白质的分子作用机制及各种复杂的生命现象具...
受到RNA 引导的 CRISPR 基因组编辑的可编程性的启发,杜克大学和康奈尔大学的研究人员之前使用从蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)的结合共晶结构的结合界面中鉴定出的线性基序作为后续生成靶标降解uAb的「引导」肽。 然而,这种基于结构的方法依赖于经过实验验证的目标蛋白共晶,这种共晶仅占人类蛋白质组的 <25%。金标准 PPI...