在线绘制带community的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图 导读:分子相互作用网络图揭示了细胞内部分子间的复杂相互作用。通过识别网络中密集连接的节点所形成的社区(community),可以揭示它们之间以前未知的功能联系。这些社区可能代表了具有共同功能的功能模块,对于理解细胞生物学过程、疾病机制以及药物靶点的识别具有重要的科...
本文以蛋白质-蛋白质相互作用数据为例,展示了如何使用微生信云平台在线绘制带community的分子相互作用网络图。 1,打开作图URL bioinformatics.com.cn/b 2,示例数据 点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。 示例数据包括2列: 第1列是来源(source)节点的名字 第2列是靶(target)节点的名字 第3列是相互作用的...
蛋白质–蛋白质相互作用(PPIs)调控着许多细胞过程,且经过工程改造的PPIs在细胞和基因治疗中具有应用价值。作者在此介绍了一种大规模并行的PPI测量方法——MP3-seq,这是一种简单易用且高度可扩展的酵母双杂交方法,用于测量PPIs。在MP3-seq中,DNA条形码(barcode)与特定的蛋白质对关联,条形码的富集情况可通过测序读取,...
本文以蛋白质-蛋白质相互作用数据为例,展示了如何使用微生信云平台在线绘制带community的分子相互作用网络图。 1,打开作图URL https://www.bioinformatics.com.cn/basic_protein_protein_interaction_network_by_igraph_256 2,示例数据 点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。 示例数据包括2列: 第1列是来源(...
蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理...
PPI(Protein-Protein Interaction,蛋白质相互作用)探针是用于研究蛋白质之间相互作用的工具或技术。蛋白质相互作用在生物学中非常重要,因为它们决定了细胞内的信号传导、代谢途径、细胞周期调控等生命活动。PPI探针的作用是为了理解这些相互作用的本质,以及它们如何影响细胞功能和生物学过程。
PPI网络是指由蛋白质组成的网络结构,其中的节点表示蛋白质,边表示蛋白质之间的相互作用。PPI预测技术的原理就是利用已知的PPI网络为基础,基于蛋白质结构、氨基酸序列等信息,进行蛋白质相互作用的预测。具体来说,预测技术可以分为基于图论、机器学习、深度学习等不同的分类。 二、PPI预测的方法 1.基于图论的方法 基于...
蛋白-蛋白间相互作用(Protein–protein interactions,PPI) 在几乎所有的生物学过程中都发挥着重要作用,包括信号转导、细胞生长和免疫防御等。鉴于这些相互作用在内稳态和疾病反应中的关键作用,与体内蛋白质相互作用的合成蛋白质(例如工程化抗体)代表了现代医学中最具变革性的治疗方式之一。 而目前大多数合成蛋白质都是在...
蛋白质相互作用(PPI)可以说是人体最重要的分子事件之一,事关人体生长发育、新陈代谢,是疾病治疗干预的重要来源,PPI失调会导致癌症等疾病发生,因而该领域也是医药行业关注的研究热点。 为了更好地预测和解读PPI,并深入挖掘相关分子信息,2023年3月,腾讯 AI Lab 联合香港科技大学、中国科学院大学相关团队,将深度学习领域...
蛋白质与蛋白质相互作用（Protein-Protein Interaction, PPI）研究方法概述目前检验蛋白质之间相互作用的实验方法主要有：酵母双杂交系统（Yeast two-hybrid system）、噬菌体展示技术（Phage display）、串联亲和纯化-质谱（Tandem affinity purification-mass spectrometry, TAP-MS）以及GST pull-down。其原理与适用范围如下...