具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能的潜在相互作用,并构建了蛋白质相互作用网络表示出来,目的是描述这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、...
用户可以通过STRING数据库的官方网站(https://string-db.org/)访问该数据库,并使用搜索工具输入感兴趣的蛋白质或者基因的名字,将会得到与查询结果相关的蛋白质相互作用网络和其他相关信息,而用户也可以上传自己的数据集进行网络分析。 可以利用蛋白的名称,序列等多种格式进行检索,输入基因sysmbol 也是可以的。对于单个...
在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可...
蛋白质的功能通常与其相互作用的伙伴密切相关。通过分析PPI网络,我们可以推断一个未知蛋白质的功能,并为后续实验提供指导。其次,PPI网络分析还可以帮助我们识别关键的调控通路和靶点。在许多疾病中,蛋白质相互作用的异常可能是病理过程的关键因素。通过分析PPI网络,我们可以找到与疾病相关的节点和模块,并设计针对性的治疗...
在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可...
蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理...
STRING数据库简介STRING（Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins）是一个在线的生物信息学数据库，旨在提供基因和蛋白质相互作用的信息。该数据库整合了多种数据来源，包括实验室实验、文献报道和计算预测，以提供全面的相互作用网络。STRING数据库还提供了许多工具和功能，例如基因和蛋白质注释、...
用户可以通过STRING数据库官方网站进行访问，输入蛋白质或基因名称以检索与之相关的蛋白质相互作用网络。对于单个蛋白质，数据库生成包含所有相互作用蛋白质的网络图；而输入多个蛋白质时，仅显示这些蛋白质之间的相互作用，适用于差异基因分析。搜索完成，用户获得蛋白质相互作用网络图，其中节点代表蛋白质，连线...
从GEO数据库中获得骨关节炎滑膜数据。采用单样本基因集富集分析(ssGSEA)和GSEA分别分析免疫浸润和巨噬细胞相关生物学通路的差异。利用蛋白质相互作用(PPI)网络分析和机器学习建立巨噬细胞相关基因诊断标记(MAGDS)。RT-qPCR检测小鼠模型中关键MAGs的表达。构建ceRNA调控网络。