蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)构建常用于在转录组分析后获得了一些差异基因或蛋白,亦或是想要寻找研究对象(基因/蛋白)与哪些蛋白之间存在潜在相互作用,并构建蛋白质相互作用网络表示出来,目的是研究这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、共表达、共定位等,最终阐述这些基因在生物...
检查通过,并且参数选好后,点击“提交”按钮,约3s后,会在页面上显示带community的彩色PPI相互作用网络图。我们提供了pdf、svg两种矢量图,png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图,进行组图,调整文字位置,添加说明等操作,以满足个性化需求。 提供了多种布局,和不带community的绘图...
5,提交出图 检查通过,并且参数选好后,点击“提交”按钮,约3s后,会在页面上显示带community的彩色PPI相互作用网络图。我们提供了pdf、svg两种矢量图,png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图,进行组图,调整文字位置,添加说明等操作,以满足个性化需求。 提供了多种布局,和不带co...
a.The largest connected component of the calcific stage subnetwork (calcific stage of the CAVD Disease Stage proteome). The subnetwork is generated by mapping the calcific stage proteome onto the protein-protein interaction (PPI) network. The node size indicates the...
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下面就是今天的主角，蛋白相互作用网络 PPI网络默认用了MCODE算法来识别网络的关键亚集，很多人选择hub基因就是通过这个方法选择 另外每个MCODE亚集还有单独的富集分析结果显示，不过这个图是没有高清的图可以使用的。昨天组内课题汇报，也看到有人用这个网站做PPI分析，跟图里面一样，基因多的时候就都挤在一块了，...
并通过这种预测的结果构建蛋白质--蛋白质相互作用网络，即Protein--Protein Interaction（PPI）；然后将每...
上述的网络我们就称之为蛋白质相互作用网络,protein-protein interaction network, 即PPI网络。要看懂上面这张图,需要理解以下两个方面 1. 节点(node) 图中每个节点表示一个蛋白,由于真核生物的可变剪切和转录后修饰,1个蛋白编码基因可能会产生多个蛋白,这里将由同一个基因产生的不同isoform进行了合并,在节点上标记...
network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能的潜在相互作用,并构建了蛋白质相互作用网络表示出来,目的是描述这些基因或蛋白之间存在怎样的...
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