在线绘制带community的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图 导读:分子相互作用网络图揭示了细胞内部分子间的复杂相互作用。通过识别网络中密集连接的节点所形成的社区(community),可以揭示它们之间以前未知的功能联系。这些社区可能代表了具有共同功能的功能模块,对于理解细胞生物学过程、疾病机制以及药物靶点的识别具有重要的科...
导读:分子相互作用网络图揭示了细胞内部分子间的复杂相互作用。通过识别网络中密集连接的节点所形成的社区(community),可以揭示它们之间以前未知的功能联系。这些社区可能代表了具有共同功能的功能模块,对于理解细胞生物学过程、疾病机制以及药物靶点的识别具有重要的科学和临床价值。 《Clinical and Translational Medicine》文...
在近期的一项研究中,印度塔塔咨询服务公司与美国密歇根大学的研究人员共同解决了这个问题,并描述了一种基于图注意网络的 PPI 分析,称为 Struct2Graph,用于直接从折叠蛋白球的结构数据中识别 PPI。该方法能够在由相等数量的正负对组成的平衡集上以98.89% 的准确度预测 PPI。在正负对比例为 1:10 的不平衡集上,Struct...
本文以蛋白质-蛋白质相互作用数据为例,展示了如何使用微生信云平台在线绘制带community的分子相互作用网络图。 1,打开作图URL https://www.bioinformatics.com.cn/basic_protein_protein_interaction_network_by_igraph_256 2,示例数据 点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。 示例数据包括2列: 第1列是来源(...
研究人员识别了10,753个PPI,其中5,684种蛋白质至少含有一个疾病相关的界面生殖系突变,其中约91%的相互作用在一侧蛋白质上含有界面突变(另一蛋白质标记为“邻近”),约9%在相互作用双方蛋白质上均有界面突变。这一网络分析显示,PIONEER预测的PPI界面因广泛的疾病相关突变而发生改变,跨越多个疾病类别。为突显PIONEER...
遗传和生化数据表明，与复杂疾病有关的基因通常会汇聚到蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络中。遗传和转录组数据表明，ASD-相关基因在大脑中的特定神经元和非神经元细胞群中有着丰富的表达，其中兴奋性神经元是最强的信号之一。因此，从iPSC中衍生出的神经元 (iNs)可以为研究 ASD提供一种关键的体外神经元细胞模型。
David Baker 任科学顾问，发布世界最大蛋白质相互作用数据库！蛋白质-蛋白质相互作用 (Protein-Protein Interactions, PPI) 是细胞生命活动的重要组成部分，在调控和维持细胞的生理功能中（如细胞的信号传导、代谢反应和基因表达）发挥着不可或缺的作用。然而目前 PPl 数据库中的数据相对较少，最新的结合亲和数据集 (...
由于新蛋白之间的相互作用是主要的瓶颈，要求评估框架的测试集Xtest满足条件|XBS| << |XES|+|XNS|，为了达到这一效果，论文提出通过在PPI网络中使用 BFS 或 DFS 构建测试集。通过在PPI网络中使用广度优先搜索（BFS）算法得到是彼此紧密互动，在PPI网络中以集群的形式存在的蛋白质。通过在PPI网络中使用深度优先搜索...
learning）提供了网络的属性暗示，如社区之间通常不互通，而社区内部则倾向于密集交互（图1b）。图1. 双视图中结构信息对PPI的必要性。（a）不具备序列相似性的两个蛋白质（SERPINA1, 3）可能和同一蛋白质（ELANE）在相同作用界面发生PPI；（b）PPI网络重要的结构属性：社区内的密集交互和社区外的微弱连接。
蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理...