神奇的vcftools 最近每一篇知乎,都有一段血泪史,比如 今天的vcftools。 在我迈入bioinformatics的第二个年头,才知道有vcftools这个神器,以前是真的蠢啊 idiot啊,处理vcf文件用awk、sed、grep等手动傻瓜处理,甚至试图带入R… 没把服务器整坏也真是幸运了,反正就是真的蠢啊!不得不说,生信的发展,真是让我开了眼…...
Updated Feb 17, 2023 R Improve this page Add a description, image, and links to the vcftools topic page so that developers can more easily learn about it. Curate this topic Add this topic to your repo To associate your repository with the vcftools topic, visit your repo's landing...
步入生物信息学的第二年，我初次接触vcftools这个利器，回想起过去处理vcf文件的艰辛，真是感慨万千。过去，处理vcf文件时，我只能依赖awk、sed、grep等手动操作，甚至尝试过使用R编程，结果服务器险些被我弄垮，那时候的我真是愚蠢至极，现在看来，生信领域的发展确实让我见识到了更多高效的工具。在一年...
为了能在R/plink用vcftools,把Linux、Python、docker、vcfR下载尝试一个遍[拜拜]数不清的安装问题,百分百盲区,淘宝花钱找人解决bug,最终阵亡在gwas2vcf安装。下周二就汇报结果,还卡在环境设置出不去。成年...
多线程并行运行Linux效率工具Parallel，bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP统计，多公共数据库数据下载软件Kingfisher，DNA/RNA/蛋白多序列比对图R包ggmsa，基于ACMG的CNV注释工具ClassifyCNV，基于Symbol和ENTREZID查询基因注释的R包（easyConvert），基于sambamba 窗口reads计数和平均覆盖度...
如何使用plink将vcf文件转换为ped文件? 我正在尝试使用 plink 将 .vcf 文件转换为 .ped 文件。我在网上看了一些手册和帖子,但似乎没有人特别提到如何将vcf转换为ped。 我希望这里可能有一些专家,他们有使用plink将vcf转换为ped的经验。如果您能分享知识,我将不胜感激。此外,如果有另一种方式(非链接)这样做,请分...
vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和--remove-indv,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 下图为原始vcf文件。 只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --indv 1-...
3. R软件可视化该区域 zemaz = read.table(file='~/maize_hapmap/maize_1000.pi',header = T) dachucao = read.table(file='~/maize_hapmap/dachucao_1000.pi',header = T) zemaz$species ='maize' dachucao$species ='dachucao' df_plot = rbind(zemaz,dachucao) ...
2.3 安装R语言 https://anaconda.org/r/r conda install-c r r 3. 文件格式 3.1 hapmap格式:genotype.hmp.txt 行头: rs# alleles chrom pos strand assembly# center protLSID assayLSID panelLSID QCcode sample1 sample2 ... 内容: rs# alleles chrom pos strand assembly# center protLSID assayLS...
2.3 安装R语言 https://anaconda.org/r/r conda install -c r r 1. 3. 文件格式 3.1 hapmap格式:genotype.hmp.txt 行头: rs# alleles chrom pos strand assembly# center protLSID assayLSID panelLSID QCcode sample1 sample2 ... 1. 内容: ...