vcftools --gzvcf sample.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout\--maf 0.05 --max-missing 0.4 --minDP4--maxDP1000\--minQ30--minGQ80--min-alleles2--max-alleles2|gzip - > sample.clean.vcf.gz 生信软件文章推荐 生信软件1 - 测序下机文件比对结果可视化工具 visNano 生信软件2 - 下游比...
1,软件安装 2,常用的软件质控 3,数据筛选(个体和SNP) 4,统计参数计算(缺失、哈温、LD等) 5,群体遗传参数计算(Fst,pi,Ts和Tv等) 6,vcftools其它常用功能介绍 这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html ...
1.vcftools的安装 (1).vcftools下载 下载网站如下: https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/ 只需要下载: (2).vcftools软件的安装 将下载完成的文件进行解压,然后把解压后的文件夹移动到你想放的位置,后输入如下代码进行安装。 cd /Users/bcl/Desktop/structure/vcftools_0.1.13 //cd到你放文件夹的路径。
export PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH 下面继续安装vcftools软件,这次应该没问题了 。 ./configure make make install 果然 一路顺畅 找到vcftools软件,检测是否能用,发现还比较隐藏: cd src/cd cpp/./vcftools 嗯,可以调用,至此,vcftools安装完成。
1、首先声明 vcftools 软件的安装需要 root 权限 。 2、下载vcftools软件安装包 :https://github.com/vcftools/vcftools/releases wget https://github.com/vcftools/vcftools/releases/download/v0.1.16/vcftools-0.1.16.tar.gz # 然后解压 tar -xzvf vcftools-0.1.16.tar.gz ...
vcftools是一个用于处理Variant Call Format (VCF)文件的工具,可以用于对基因组变异数据进行各种分析和操作。以下是vcftools的使用手册: 1.安装:vcftools可以在命令行下运行,需要先安装相应的软件包。可以从官网下载安装包进行安装,也可以使用包管理器进行安装。 2.输入文件:vcftools需要输入VCF格式的文件作为输入,可以使...
1、首先声明 vcftools 软件的安装需要 root 权限 。 2、下载vcftools软件安装包 :https://github.com/vcftools/vcftools/releases wget https://github.com/vcftools/vcftools/releases/download/v0.1.16/vcftools-0.1.16.tar.gz # 然后解压 ...
ftools是一个用于查看、处理、比较、转换和筛选VCF格式文件的开源软件。ftools是一个功能强大的UNIX/LINUX软件开发工具，可以用于在Unix和Linux系统下处理Vcf格式文件。本文将向您介绍Linux下VCFTools的安装方法。首先，您需要下载和安装最新的VCFTools。一般，支持的操作系统有Linux和Mac OS X。下载VCFTools的...
vcftools软件提供了多种高级用法技巧，帮助用户在生物信息学研究中更高效地处理VCF文件。以下为一些vcftools的高级用法技巧：1. 提取基因型信息：使用--extract-FORMAT-info选项，vcftools可以提取特定的基因型信息。2. 提取指定区域的变异信息：通过参数--vcf、--chr、--form-bp和--to-bp，用户可以指定一...
1. 下面继续安装vcftools软件,这次应该没问题了 。 ./configure make make install 1. 2. 3. 果然 一路顺畅 找到vcftools软件,检测是否能用,发现还比较隐藏: cd src/ cd cpp/ ./vcftools 1. 2. 3. 嗯,可以调用,至此,vcftools安装完成。