--non-ref-af,--non-ref-ac... 保留都是ALT变异的位点。 --mac INT,--max-mac保留Minor Allel Count数大于INT数的位点 --min-alleles 2,--max-alleles 2筛选保留含有2个ALT变异的位点。常用。 根据基因型GENOTYPE数值进行过滤 --min-meanDP,--max-meanDP根据平均覆盖深度进行过滤。--min-meanDP 3 -...
--maf 和 --max-maf用来限定最小等位基因频率(MAF)的范围 --mac 和 --max-mac和上面类似,用来限定最小等位基因的数量 --min-alleles 和 --max-alleles用来限定等位基因的数量,比如这条命令只会保留vcf文件ALT列只有一种碱基的情况。 vcftools --gzvcf combined200.vcf.gz --min-alleles 2 --max-alleles...
Index of /macports/packages/vcftools/ File NameFile SizeDate Parent directory/-- vcftools-0.1.16_0.darwin_10.i386.tbz2425.9 KB2021-04-12 00:46 vcftools-0.1.16_0.darwin_10.i386.tbz2.rmd160512.0 B2021-04-12 00:46 vcftools-0.1.16_0.darwin_10.x86_64.tbz2426.1 KB2020-05-16 05:19 ...
首先，您需要下载和安装最新的VCFTools。一般，支持的操作系统有Linux和Mac OS X。下载VCFTools的最新版本之后，您可以从源码安装它，以下是源码安装过程：1. 从官网上下载最新版本的VCFTools源码；2. 解压源码，并使用您的当前用户名登录系统；3. 进入源码文件夹；4.运行命令行：./configure；5.执行make...
Include only sites with Minor Allele Count greater than or equal to the "--mac" value and less than or equal to the "--max-mac" value. One of these options may be used without the other. Allele count is simply the number of times that allele appears over all individuals at that site...
通常开发都是使用单机版的Docker环境，不太操心Docker集群的事情。 而在这种单机环境下，命令行操作...
The MacPorts ports tree. Contribute to mike-pt/macports-ports development by creating an account on GitHub.
MacBook-Pro:vcftools miro$ ./configure checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c checking whether build environment is sane... yes checking for a thread-safe mkdir -p... ./install-sh -c -d checking for gawk... gawk checking whether make sets $(MAKE)... yes chec...
在进行structure堆叠图绘制时,需要用到以下软件:vcftools、bcftools、plink、admixture软件。下面具体介绍这些软件的安装过程(注 :前三个在mac/windows上装,后一个在linux服务器上装)。 1.vcftools的安装 (1).vcftools下载 下载网站如下: https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/ ...
在这段代码中,我们调用vcftools,在--vcf标志后给它一个vcf文件, - max-missing 0.5告诉它过滤低于50%的基因型(跨所有个体)--mac 3标志告诉它过滤次要等位基因计数小于3的SNP。 这与基因型有关,因此必须在至少1个纯合子和1个杂合子或3个杂合子中的变异调用。 --recode标志告诉程序使用过滤器写入一个新的vc...