(base) [root@PC1 test]#vcftools --vcf outcome.vcf --max-missing0.9--plink --outtest &> /dev/null(base) [root@PC1 test]# ls## 最大丢失率不超过1-0.9outcome.map outcome.ped outcome.vcf test.map test.ped (base) [root@PC1 test]#cat test.map1snp402037501snp50312707...
如果缺失率较高,这种snp位点在很多分析中是不能用的,需要去掉。这时候就可以使用vcftools进行过滤。用到的选项为--max-missing。 具体用法如下: 运行以下命令: vcftools--vcfsnp.vcf--recode--recode-INFO-all--stdout--max-missing1> snp.new.vcf AI代码助手复制代码 --max-missing 后跟的值为 0-1 ,1代表...
–max-missing常用,缺失率,0为接受完全缺失,1为接受数据全都存在。一般0.8 –max-missing-count INT缺失的个体数目超过INT,即被过滤。 –phased 删除unpased位点 –minQ 保留Quality值大于INT的位点。 对样品个体进行过滤 –indv, --remove-indv保留或删除指定样本 –keep FILE,–remove 保留/删除多个体的文件 ...
6. vcftools在重测序中应用过滤实例 vcftools --gzvcf sample.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout\--maf 0.05 --max-missing 0.4 --minDP4--maxDP1000\--minQ30--minGQ80--min-alleles2--max-alleles2|gzip - > sample.clean.vcf.gz 生信软件文章推荐 生信软件1 - 测序下机文件比对结果可视...
vcf 文件中很多snp在某些样品中是缺失的,也就是基因型为 "./." 。如果缺失率较高,这种snp位点在很多分析中是不能用的,需要去掉。这时候就可以使用vcftools进行过滤。用到的选项为--max-missing。 具体用法如下: 下图为原始vcf文件。 运行以下命令:
–max-missing 完整度,该参数介于0,1之间 根据材料过滤 –indv –remove-indv Specify an individual to be kept or removed from the analysis. This option can be used multiple times to specify multiple individuals. If both options are specified, then the “–indv” option is executed before the...
# --max-missing 1.0,不允许有缺失的基因型,--max-missing的值在0-1之间,0代表完全允许 结果文件(all_snp_hardy.hwe) 6,计算pi(π) vcftools --vcf all.SNP.vcf --window-pi 10000 --window-pi-step 100 --out L_donovani_all_samples_10kb_100b ...
max-missing:分型完整度 maf:第二等位基因频率 min-alleles:最小等位基因个数 max-alleles:最大等位基因个数 哈迪温伯格平衡 hwe filtering(通常在人类中使用) vcftools --vcf root.hic.id.vcf --remove-indels --max-missing 0.8 --maf 0.05 --min-alleles 2 --max-alleles 2 --hwe 0.01 --recode --...
Dear developers, I saw a strange behavior using vcftools with --max-missing option: If I filter this vcf file with --minDP 2 and --max-missing 0.7 in the same command line, I will retrieve SNPs called on 60% of my samples, while filterin...
http://vcftools.sourceforge.net/downloads.html 进入压缩包目录，进行解压。检查安装是否成功 add id.pl拷贝至vcftools/bin目录下 add id.pl是一个老师写的脚本，这里不好直接放上来，所以需要添加id的话，请大家再去查找其他的教程，这里只是我自己做个备份。max-missing:分型完整度 maf：第二等位...