(base) [root@PC1 test]#vcftools --vcf outcome.vcf --max-missing0.9--plink --outtest &> /dev/null(base) [root@PC1 test]# ls## 最大丢失率不超过1-0.9outcome.map outcome.ped outcome.vcf test.map test.ped (base) [root@PC1 test]#cat test.map1snp402037501snp50312707...
5,为每个位点输出Hardy-Weinberg p值 vcftools --vcf all.SNP.vcf --hardy --max-missing 1.0 --out all_snp_hardy # --hardy 计算Hardy-Weinberg值 # --max-missing 1.0,不允许有缺失的基因型,--max-missing的值在0-1之间,0代表完全允许 结果文件(all_snp_hardy.hwe) 6,计算pi(π) vcftools --vcf...
如果缺失率较高,这种snp位点在很多分析中是不能用的,需要去掉。这时候就可以使用vcftools进行过滤。用到的选项为--max-missing。 具体用法如下: 运行以下命令: vcftools--vcfsnp.vcf--recode--recode-INFO-all--stdout--max-missing1> snp.new.vcf AI代码助手复制代码 --max-missing 后跟的值为 0-1 ,1代表...
6. vcftools在重测序中应用过滤实例 vcftools --gzvcf sample.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout\--maf 0.05 --max-missing 0.4 --minDP4--maxDP1000\--minQ30--minGQ80--min-alleles2--max-alleles2|gzip - > sample.clean.vcf.gz 生信软件文章推荐 生信软件1 - 测序下机文件比对结果可视...
--max-missing常用,缺失率,0为接受完全缺失,1为接受数据全都存在。一般0.1或者0.2 --max-missing-count INT缺失的个体数目超过INT,即被过滤。 --phased 删除unpased位点 --minQ 保留Quality值大于INT的位点。 对样品个体进行过滤 --indv,--remove-indv 保留或删除指定样本 ...
–max-missing常用,缺失率,0为接受完全缺失,1为接受数据全都存在。一般0.8 –max-missing-count INT缺失的个体数目超过INT,即被过滤。 –phased 删除unpased位点 –minQ 保留Quality值大于INT的位点。 对样品个体进行过滤 –indv, --remove-indv保留或删除指定样本 ...
–max-missing 完整度,该参数介于0,1之间 根据材料过滤 –indv –remove-indv Specify an individual to be kept or removed from the analysis. This option can be used multiple times to specify multiple individuals. If both options are specified, then the “–indv” option is executed before the...
Dear developers, I saw a strange behavior using vcftools with --max-missing option: If I filter this vcf file with --minDP 2 and --max-missing 0.7 in the same command line, I will retrieve SNPs called on 60% of my samples, while filterin...
–max-maf <float> MAF最大值过滤 此处省去很多参数,具体参见vcftools官网 根据基因型数值过滤 –min-meanDP<float> –max-meanDP <float>根据测序深度进行过滤 –hwe<float> –max-missing <float>完整度,该参数介于0,1之间 根据材料过滤 –indv
vcftools 没有这个功能，你可以看看他的帮助：https://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html ...