vcftools常见的功能就是计算pi(π),Fst,Tajima's D,He等,但其功能远不止如此。 1,输出vcf文件中指定染色体上所有位点的等位基因频率 vcftools --vcf all.SNP.vcf --freq --chr CM032067.1 --out chr1_analysis # --vcf输入文件格式,如果是bcf文件则改为--bcf # --freq,在结果文件中显示等位基因频率,该...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cd vcftools-...
vcftools--gzvcftest.vcf.gz\##输入压缩形式的vcf--remove-indels\##移除indel变异,保留SNP变异--max-missing0.5\##SNP样本缺失率不能超过50%##(设置为1,代表完全不允许缺失;0.8代表允许20%缺失。)--maf0.05\##次等位基因频率不能低于0.05--min-alleles2\##次等位基因个数--max-alleles2\##主要等位基因...
vcftools is a suite of functions for use on genetic variation data in the form of VCF and BCF files. The tools provided will be used mainly to summarize data, run calculations on data, filter out data, and convert data into other useful file formats. 一、安装 conda install -c bioconda v...
vcftools是一个用于处理Variant Call Format (VCF)文件的工具,可以用于对基因组变异数据进行各种分析和操作。以下是vcftools的使用手册: 1.安装:vcftools可以在命令行下运行,需要先安装相应的软件包。可以从官网下载安装包进行安装,也可以使用包管理器进行安装。 2.输入文件:vcftools需要输入VCF格式的文件作为输入,可以使...
找到了一份种群基因组学数据分析的教程,原文用的数据是2015年发表在science上的一篇论文Genomic islands of speciation separate cichlid ecomorphs in an East African crater lake。这份教程利用这篇文章的数据分析了部分内容。
通过已经发表的玉米和大刍草基因组变异数据来计算感兴趣的基因组位置上,是否受到选择。主要是比较大刍草和玉米之间,该区间的多样性是否会下降,如果该区域内SNP的多态性下降,表明该区域内受到了选择。 在分析玉米基因组上的一段区域是否受到选择时,可比较玉米基因组和大刍草基因组在这段区域内的多态性,计算多态性指数pi...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 vcftools.github.io/exam 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩unzipvcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cdvcftools-vcftools-581c231/ 3. 安装bashautogen.sh ./configure make makeinstall ...
在官网(https://vcftools.github.io/index.html)下载VCFtools安装包,下载地址链接为https://vcftools.github.io/downloads.html,该网页内界面如下所示,方框内为下载按钮。如果点击的是View On GitHub需要进入release中寻找最新版本(https://github.com/vcftools/vcftools/releases/tag/v0.1.16)。
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cdvcftools-vcftools-581c231/ ...