–minGQ <float>排除GQ低于这个参数的基因型</float> –minDP<float></float> –maxDP<float></float> 计算统计 核算多样性统计 –site-pi 计算所有SNP –window-pi –window-pi-step FST计算 –weir-fst-pop<filename></filename> –fst-window-size –fst-window-step 其它计算 –het –hardy –site...
–minGQ 排除GQ低于这个参数的基因型 –minDP –maxDP Includes only genotypes greater than or equal to the “–minDP” value and less than or equal to the “–maxDP” value. This option requires that the “DP” FORMAT tag is specified for all sites. 计算统计 核算多样性统计 –site-pi 计...
我使用的是GATK和samtools、vcftools、bcftools的组合。我想过滤我的.vcf文件,这样它就可以删除读取次数少于10次的所有条目。看起来vcftools可以用来做这个。我的代码是: vcftools --vcf "$fn" --out "$fn"_dp10 --minDP 10 --recode --recode-INFO-all 但是,它不会过滤掉任何内容。对此有什么想法吗? Kind...
vcftools --vcf GT_AGCT_Liujingyan.vcf --max-missing 0.5 --maf 0.05 --remove-indels -- m...
#–minGQ 删除GQ值低于数值的位点#–minDP,–maxDP保留覆盖率min~max范围内的位点。#输出格式转换#输出参数#–recode输出.recode.vcf新文件#–recode-INFO-all保留所有的INFO信息#格式转换#–012 012矩阵文件#–IMPUTE impute文件#–ldhat-geno --ldhat LDhat格式。#–BEAGLE-GL, --BEAGLE-PL#–plink, --...
--minDP--maxDP Includes only genotypes greater than or equal to the "--minDP" value and less than or equal to the "--maxDP" value. This option requires that the "DP" FORMAT tag is specified for all sites. OUTPUT OPTIONS These options specify which analyses or conversions to perform ...
--stdout --maf 0.05 --max-missing 0.9 --minDP 2 --maxDP 1000 \ --minQ 30 --minGQ ...
Dear developers, I saw a strange behavior using vcftools with --max-missing option: If I filter this vcf file with --minDP 2 and --max-missing 0.7 in the same command line, I will retrieve SNPs called on 60% of my samples, while filterin...
alkalibeepopgen/stacks_pipeline/populations_output_2/populations.snps_filtered.recode.vcf" # Code vcftools --vcf $in_file --max-alleles 2 --min-alleles 2 --remove bad_inds_0.5 --maf 0.01 --max-missing 0.5 --thin 10000 --min-meanDP 10 --recode now=$(date +"%T") echo "End time...
vcftools过滤除了等位基因选项外，其他参数通通没用老师您好，我按照重测序课程的流程一步步处理数据，到...