6. vcftools在重测序中应用过滤实例 vcftools --gzvcf sample.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout\--maf 0.05 --max-missing 0.4 --minDP4--maxDP1000\--minQ30--minGQ80--min-alleles2--max-alleles2|gzip - > sample.clean.vcf.gz 生信软件文章推荐 生信软件1 - 测序下机文件比对结果可视...
根据ALLELE过滤 –maf <float> MAF最小值过滤 –max-maf <float> MAF最大值过滤 此处省去很多参数,具体参见vcftools官网 根据基因型数值过滤 –min-meanDP<float> –max-meanDP <float>根据测序深度进行过滤 –hwe<float> –max-missing <float>完整度,该参数介于0,1之间 根据材料过滤 –indv –remove-indv...
–maf MAF最小值过滤 –max-maf MAF最大值过滤 此处省去很多参数,具体参见vcftools官网 根据基因型数值过滤 –min-meanDP –max-meanDP 根据测序深度进行过滤 –hwe Assesses sites for Hardy-Weinberg Equilibrium using an exact test, as defined by Wigginton, Cutler and Abecasis (2005). Sites with a p-...
vcftools --gzvcf test.vcf.gz --plink --out new_test (2) 提取vcf文件中位点的maf大于0.01的位点的信息 ##生成的文件的格式为new_test.recode.vcfvcftools --vcf test.vcf --maf 0.01 --recode --recode-INFO-all --out new_test 3. bcftools的使用 (1) 压缩vcf文件 bcftools sort test.recode.vcf...
--maf,--max-mafMinor Allele Frequency二等位基因频率进行过滤,常为--maf 0.05,保留大于0.05的。 --non-ref-af,--non-ref-ac... 保留都是ALT变异的位点。 --mac INT,--max-mac保留Minor Allel Count数大于INT数的位点 --min-alleles 2,--max-alleles 2筛选保留含有2个ALT变异的位点。常用。 根据...
在GWAS分析之前,一般需要对基因型文件进行过滤,包括:缺失率、MAF、杂合率、双等位、仅SNP等。 运用bcftools进行进行双等位和仅SNP的过滤; bcftools view-m2-M2-v snps input.vcf.gz-Oz-ooutput.vcf.gz--threads20 bcftools支持多线程,速度快; -m2 -M2 指定输出双等位位点; ...
Include only sites with a Minor Allele Frequency greater than or equal to the "--maf" value and less than or equal to the "--max-maf" value. One of these options may be used without the other. Allele frequency is defined as the number of times an allele appears over all individuals ...
这里不明白的参数--maf--max-maf通常会设置最小等位基因频率来过滤vcf文件,但这里设置最大等位基因频率是什么意思?--thin 1000 接下来计算两个不同群体的核苷酸多样性 获得两个不同群体所有的样本名,存入文件中 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 ...
Include only sites with a Minor Allele Frequency greater than or equal to the "--maf" value and less than or equal to the "--max-maf" value. One of these options may be used without the other. Allele frequency is defined as the number of times an allele appears over all individuals ...
1. plink的使用 （1）将vcf格式文件转化为plink(bed,bim,fam)格式 （2）将plink(bed,bim,fam)转为为vcf格式 （3）将map,ped文件转化为bed,bim,fam文件 （4）提取特定个体或特定位置信息 2. vcftools的使用 （1）将vcf文件转化为map,ped文件 （2）提取maf大于0.01的位点信息 3. bcftools的...