根据ALLELE过滤 –maf <float> MAF最小值过滤 –max-maf <float> MAF最大值过滤 此处省去很多参数,具体参见vcftools官网 根据基因型数值过滤 –min-meanDP<float> –max-meanDP <float>根据测序深度进行过滤 –hwe<float> –max-missing <float>完整度,该参数介于0,1之间 根据材料过滤 –indv –remove-indv...
根据ALLEL进行过滤 –maf,–max-maf Minor Allele Frequency二等位基因频率进行过滤,常为–maf 0.05,保留大于0.05的。 –non-ref-af,–non-ref-ac… 保留都是ALT变异的位点。 –mac INT,–max-mac 保留Minor Allel Count数大于INT数的位点 –min-alleles 2, --max-alleles 2筛选保留含有2个ALT变异的位点。...
–maf MAF最小值过滤 –max-maf MAF最大值过滤 此处省去很多参数,具体参见vcftools官网 根据基因型数值过滤 –min-meanDP –max-meanDP 根据测序深度进行过滤 –hwe Assesses sites for Hardy-Weinberg Equilibrium using an exact test, as defined by Wigginton, Cutler and Abecasis (2005). Sites with a p-...
6. vcftools在重测序中应用过滤实例 vcftools --gzvcf sample.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout\--maf 0.05 --max-missing 0.4 --minDP4--maxDP1000\--minQ30--minGQ80--min-alleles2--max-alleles2|gzip - > sample.clean.vcf.gz 生信软件文章推荐 生信软件1 - 测序下机文件比对结果可视...
这里不明白的参数--maf--max-maf通常会设置最小等位基因频率来过滤vcf文件,但这里设置最大等位基因频率是什么意思?--thin 1000 接下来计算两个不同群体的核苷酸多样性 获得两个不同群体所有的样本名,存入文件中 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 ...
可以提供一些位置信息,或是能表示位置的文件,具体参数见官方文档 ALLELE FILTERING --maf 和 --max-maf用来限定最小等位基因频率(MAF)的范围 --mac 和 --max-mac和上面类似,用来限定最小等位基因的数量 --min-alleles 和 --max-alleles用来限定等位基因的数量,比如这条命令只会保留vcf文件ALT列只有一种碱基的...
#这个参数的取值介于0到1之间,1表示不允许任何缺失,0表示允许所有样本的基因型都可以缺失 --maf 0.05 ##[针对基因型进行过滤]次等位基因频率<0.05 --mac 3 ##[针对基因型进行过滤]过滤次要等位基因计数小于3的位点 --minQ 30 ##最低质量分数为30的位点 ...
--maf--max-maf Include only sites with a Minor Allele Frequency greater than or equal to the "--maf" value and less than or equal to the "--max-maf" value. One of these options may be used without the other. Allele frequency is defined as the number of times an allele appears ove...
--maf 0.05\ ## 次等位基因频率不能低于0.05 --min-alleles 2\ ## 次等位基因个数 --max-alleles 2\ ## 主要等位基因个数 --keep test.line.txt\ ## 保留样本文件list --snps test.snps.txt\ ## 保留SNP文件list --recode --recode-INFO-all\ ##重新编码成vcf文件 ...