perl stat_mr_het_maf.pl output.hardy.txt>output_mr_het_maf.txt 3.设置过滤条件 filt.pl <>;while(<>){chomp;my@a=split/\s+/;if($a[2]<=0.05&&$a[3]<=0.1&&$a[4]>=0.1){print"$a[0]\t$a[1]\n";}} perl filt.pl output_mr_het_maf.txt>keep_snp_sites.txt 利用vcftools将kee...
6. vcftools在重测序中应用过滤实例 vcftools --gzvcf sample.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout\--maf 0.05 --max-missing 0.4 --minDP4--maxDP1000\--minQ30--minGQ80--min-alleles2--max-alleles2|gzip - > sample.clean.vcf.gz 生信软件文章推荐 生信软件1 - 测序下机文件比对结果可视...
根据ALLELE过滤 –maf MAF最小值过滤 –max-maf MAF最大值过滤 此处省去很多参数,具体参见vcftools官网 根据基因型数值过滤 –min-meanDP –max-meanDP 根据测序深度进行过滤 –hwe Assesses sites for Hardy-Weinberg Equilibrium using an exact test, as defined by Wigginton, Cutler and Abecasis (2005). Sit...
根据ALLEL进行过滤 --maf,--max-mafMinor Allele Frequency二等位基因频率进行过滤,常为--maf 0.05,保留大于0.05的。 --non-ref-af,--non-ref-ac... 保留都是ALT变异的位点。 --mac INT,--max-mac保留Minor Allel Count数大于INT数的位点 --min-alleles 2,--max-alleles 2筛选保留含有2个ALT变异的位点...
–max-maf <float> MAF最大值过滤 此处省去很多参数,具体参见vcftools官网 根据基因型数值过滤 –min-meanDP<float> –max-meanDP <float>根据测序深度进行过滤 –hwe<float> –max-missing <float>完整度,该参数介于0,1之间 根据材料过滤 –indv
--maf 0.05 ##[针对基因型进行过滤]次等位基因频率<0.05 --mac 3 ##[针对基因型进行过滤]过滤次要等位基因计数小于3的位点 --minQ 30 ##最低质量分数为30的位点 --freq ## 后面不加数字表示单纯计算输出等位基因频率,不是按照等位基因频率进行过滤 ...
这里不明白的参数--maf--max-maf通常会设置最小等位基因频率来过滤vcf文件,但这里设置最大等位基因频率是什么意思?--thin 1000 接下来计算两个不同群体的核苷酸多样性 获得两个不同群体所有的样本名,存入文件中 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 ...
http://vcftools.sourceforge.net/downloads.html 进入压缩包目录，进行解压。检查安装是否成功 add id.pl拷贝至vcftools/bin目录下 add id.pl是一个老师写的脚本，这里不好直接放上来，所以需要添加id的话，请大家再去查找其他的教程，这里只是我自己做个备份。max-missing:分型完整度 maf：第二等位...
Include only sites with a Minor Allele Frequency greater than or equal to the "--maf" value and less than or equal to the "--max-maf" value. One of these options may be used without the other. Allele frequency is defined as the number of times an allele appears over all individuals ...
（2）提取maf大于0.01的位点信息 3. bcftools的使用 （1）压缩vcf文件 （6）对压缩文件建立索引 4. fcgene的使用 （1）参考官方使用说明文档 （2）将gens文件转化为vcf文件 5. shell的使用 （1）熟练使用sed进行文本操作 （2）使用awk筛选具有特定特征的数据 以上就是对plink, vcftools, bcftools,...