perl stat_mr_het_maf.pl output.hardy.txt>output_mr_het_maf.txt 3.设置过滤条件 filt.pl <>;while(<>){chomp;my@a=split/\s+/;if($a[2]<=0.05&&$a[3]<=0.1&&$a[4]>=0.1){print"$a[0]\t$a[1]\n";}} perl filt.pl output_mr_het_maf.txt>keep_snp_sites.txt 利用vcftools将kee...
vcftools --gzvcf test.vcf.gz --plink --out new_test (2) 提取vcf文件中位点的maf大于0.01的位点的信息 ##生成的文件的格式为new_test.recode.vcfvcftools--vcf test.vcf --maf 0.01 --recode --recode-INFO-all --out new_test 3. bcftools的使用 (1) 压缩vcf文件 bcftools sort test.recode.vcf ...
ALLELE FILTERING --maf 和 --max-maf用来限定最小等位基因频率(MAF)的范围 --mac 和 --max-mac和上面类似,用来限定最小等位基因的数量 --min-alleles 和 --max-alleles用来限定等位基因的数量,比如这条命令只会保留vcf文件ALT列只有一种碱基的情况。 vcftools --gzvcf combined200.vcf.gz --min-alleles 2...
根据ALLELE过滤 –maf <float> MAF最小值过滤 –max-maf <float> MAF最大值过滤 此处省去很多参数,具体参见vcftools官网 根据基因型数值过滤 –min-meanDP<float> –max-meanDP <float>根据测序深度进行过滤 –hwe<float> –max-missing <float>完整度,该参数介于0,1之间 根据材料过滤 –indv –remove-indv...
--maf 0.05 ##[针对基因型进行过滤]次等位基因频率<0.05 --mac 3 ##[针对基因型进行过滤]过滤次要等位基因计数小于3的位点 --minQ 30 ##最低质量分数为30的位点 --freq ## 后面不加数字表示单纯计算输出等位基因频率,不是按照等位基因频率进行过滤 ...
–maf MAF最小值过滤 –max-maf MAF最大值过滤 此处省去很多参数,具体参见vcftools官网 根据基因型数值过滤 –min-meanDP –max-meanDP 根据测序深度进行过滤 –hwe Assesses sites for Hardy-Weinberg Equilibrium using an exact test, as defined by Wigginton, Cutler and Abecasis (2005). Sites with a p...
（2）提取maf大于0.01的位点信息 3. bcftools的使用 （1）压缩vcf文件 （6）对压缩文件建立索引 4. fcgene的使用 （1）参考官方使用说明文档 （2）将gens文件转化为vcf文件 5. shell的使用 （1）熟练使用sed进行文本操作 （2）使用awk筛选具有特定特征的数据 以上就是对plink, vcftools, bcftools,...
http://vcftools.sourceforge.net/downloads.html 进入压缩包目录，进行解压。检查安装是否成功 add id.pl拷贝至vcftools/bin目录下 add id.pl是一个老师写的脚本，这里不好直接放上来，所以需要添加id的话，请大家再去查找其他的教程，这里只是我自己做个备份。max-missing:分型完整度 maf：第二等位...
这里不明白的参数--maf--max-maf通常会设置最小等位基因频率来过滤vcf文件,但这里设置最大等位基因频率是什么意思?--thin 1000 接下来计算两个不同群体的核苷酸多样性 获得两个不同群体所有的样本名,存入文件中 代码语言:javascript 复制 bcftools query-l Massoko_Dryad_VCF_final_subset_noIndels_maf05_thinned...
--maf 0.05\ ## 次等位基因频率不能低于0.05 --min-alleles 2\ ## 次等位基因个数 --max-alleles 2\ ## 主要等位基因个数 --keep test.line.txt\ ## 保留样本文件list --snps test.snps.txt\ ## 保留SNP文件list --recode --recode-INFO-all\ ##重新编码成vcf文件 ...