生信软件7 - 多线程并行运行Linux效率工具Parallel 生信软件8 - bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP统计 生信软件9 - 多公共数据库数据下载软件Kingfisher 生信软件10 - DNA/RNA/蛋白多序列比对图R包ggmsa 生信软件11 - 基于ACMG的CNV注释工具ClassifyCNV 生信软件12 - 基于Symbol和ENTREZID查询...
(1)将vcf格式文件转化为plink(bed,bim,fam)格式 plink --vcf test.vcf --make-bed --outtest## 当vcf的sample id 中含有"_"时,需要使用--double-id。 例如:如果sample id为 sd123_3.cell,如果不使用--double-id,生成的fam文件中familyid和iid分别是:sd123, 3.cell。如果这样后期使用会造成错误。详细...
4.输出文件:vcftools可以将处理结果输出到多个文件中,包括VCF、BED、PLINK等格式的文件。可以使用-o选项指定输出文件的路径和名称。 5.示例:以下是使用vcftools进行简单的VCF文件合并的示例命令: ```bash vcf-merge ``` 该命令将和两个文件合并为一个名为的文件。 以上是vcftools的使用手册,具体使用方法和参数选项...
This option will output the number of unique haplotypes within user specified bins, as defined by the BED file. The output file has the suffix “.hapcount”. –mendel This option is use to report mendel errors identified in trios. The command requires a PLINK-style PED file, with the firs...
在近一周的项目中，我使用了plink, vcftools, bcftools, fcgene, shell等工具进行post imputation处理，为了帮助大家避免可能遇到的问题，我整理了以下总结：1. plink的使用 （1）将vcf格式文件转化为plink(bed,bim,fam)格式 （2）将plink(bed,bim,fam)转为为vcf格式 （3）将map,ped文件转化为bed,...
Outputs a file reporting the r2 statistics using phased haplotypes only at the sites contained in the provided BED file. The output file has the suffix ".list.hap.ld". This option assumes that the VCF input file has phased haplotypes. ...
Include or exclude a set of sites on the basis of a BED file. Only the first three columns (chrom, chromStart and chromEnd) are required. The BED file is expected to have a header line. --thin Thin sites so that no two sites are within the specified distance from one another. ...
pythonflaskgatkbedtoolssamtoolsvcftools UpdatedMay 19, 2014 Python zjwinn/TASSEL-VCF-Fixer Star1 Code Issues Pull requests A program for fixing TASSEL produced GBS VCFs so that they are coded reference-alternate genomicsvcftoolsvcf-filestassel ...
SNP名称为字符或数字, 如果不重要, 可以从1编号, 注意要和bed文件SNP列一一对应 染色体的摩尔未知(可选项, 可以用0) SNP物理坐标 3, 如果只有SNP名称, 可以手动构建map文件, 第二列为SNP名称, 其它三列为0即可. Example: 1 snp1 0 1 1 snp2 0 2 ...
找到了一份种群基因组学数据分析的教程,原文用的数据是2015年发表在science上的一篇论文Genomic islands of speciation separate cichlid ecomorphs in an East African crater lake。这份教程利用这篇文章的数据分析了部分内容。