生信软件7 - 多线程并行运行Linux效率工具Parallel 生信软件8 - bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP统计 生信软件9 - 多公共数据库数据下载软件Kingfisher 生信软件10 - DNA/RNA/蛋白多序列比对图R包ggmsa 生信软件11 - 基于ACMG的CNV注释工具ClassifyCNV 生信软件12 - 基于Symbol和ENTREZID查询...
pythonflaskgatkbedtoolssamtoolsvcftools UpdatedMay 19, 2014 Python zjwinn/TASSEL-VCF-Fixer Star1 Code Issues Pull requests A program for fixing TASSEL produced GBS VCFs so that they are coded reference-alternate genomicsvcftoolsvcf-filestassel ...
4.输出文件:vcftools可以将处理结果输出到多个文件中,包括VCF、BED、PLINK等格式的文件。可以使用-o选项指定输出文件的路径和名称。 5.示例:以下是使用vcftools进行简单的VCF文件合并的示例命令: ```bash vcf-merge ``` 该命令将和两个文件合并为一个名为的文件。 以上是vcftools的使用手册,具体使用方法和参数选项...
(1)将vcf格式文件转化为plink(bed,bim,fam)格式 plink --vcf test.vcf --make-bed --outtest## 当vcf的sample id 中含有"_"时,需要使用--double-id。 例如:如果sample id为 sd123_3.cell,如果不使用--double-id,生成的fam文件中familyid和iid分别是:sd123, 3.cell。如果这样后期使用会造成错误。详细...
This option will output the number of unique haplotypes within user specified bins, as defined by the BED file. The output file has the suffix “.hapcount”. –mendel This option is use to report mendel errors identified in trios. The command requires a PLINK-style PED file, with the firs...
在近一周的项目中，我使用了plink, vcftools, bcftools, fcgene, shell等工具进行post imputation处理，为了帮助大家避免可能遇到的问题，我整理了以下总结：1. plink的使用 （1）将vcf格式文件转化为plink(bed,bim,fam)格式 （2）将plink(bed,bim,fam)转为为vcf格式 （3）将map,ped文件转化为bed,...
population_2.txt的格式同population_1.txt,只有一列sample名字的信息。 计算之后,会得到两个文件格式,分别为.log和.fst,如图下所示: 2、通过gcta计算FST 命令行如下: gcta64 --bfile test --fst --sub-popu subpopu.txt --out test 其中,bfile文件W为plink二进制格式文件,后缀分别为.bed、.bim、.fam ...
多线程并行运行Linux效率工具Parallel，bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP统计，多公共数据库数据下载软件Kingfisher，DNA/RNA/蛋白多序列比对图R包ggmsa，基于ACMG的CNV注释工具ClassifyCNV，基于Symbol和ENTREZID查询基因注释的R包（easyConvert），基于sambamba 窗口reads计数和平均覆盖度...
2、通过gcta计算FST 命令行如下: gcta64 --bfile test --fst --sub-popu subpopu.txt --out test 其中,bfile文件W为plink二进制格式文件,后缀分别为.bed、.bim、.fam subpopu.txt的输入格式如图下所示: 解释下subpopu.txt这三列的意思。第一列为样本数,第二列为样本的ID,第三列为每个样本对应的populatio...
找到了一份种群基因组学数据分析的教程,原文用的数据是2015年发表在science上的一篇论文Genomic islands of speciation separate cichlid ecomorphs in an East African crater lake。这份教程利用这篇文章的数据分析了部分内容。 教程地址 https://github.com/singhal/popgen_tutorial/blob/master/pop_gen_tutorial.rst...