vcftools --vcf snp_indel.vcf --diff snp_indel_2.vcf --diff-site --out in1_v_in2 # --diff 指定对比文件 # --diff-site,与之前的---freq,--recode意思差不多,输出差异位点,不能少,否则没有结果文件 两vcf文件对比结果(in1_v_in2.diff.sites_in_files) 4,筛选符合过滤的位点 vcftools --v...
vcftools --vcf snp_indel.vcf --diff snp_indel_2.vcf --diff-site --out in1_v_in2 # --diff 指定对比文件 # --diff-site 不能少,否则没有结果文件 ##TajimaD --TajimaD 500000 ##Tajima's D计算, 这个是选择相关的一个参数,大于0代表群体观测杂合度高于预期杂合度,稀有等位基因频率降低(群体...
因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件。 使用命令也很简单: 1vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息,IN_F...
This option calculates a discordance matrix. This option only works with bi-allelic loci with matching alleles that are present in both files. The resulting output file has the suffix “.diff.discordance.matrix”. –diff-switch-error This option calculates phasing errors (specifically “switch error...
–diff-indv-discordance –diff-indv-map<filename></filename> –diff-discordance-matrix –diff-switch-error 实例 1.输出来自染色体1的输入vcf文件中所有位点的等位基因频率 vcftools--gzvcfinput_file.vcf.gz--freq--chr1--outchr1_analysis
##第一个参数正常指定,第二参数指定为--diff,--gzdiff或者--diff-bcfvcftools--vcfinput_data.vcf--diffother_data.vcf--recode--outcompare 计算Allele Frequency: vcftools--vcfinput_data.vcf--freq--outoutput 提取测序深度 vcftools--vcfinput_data.vcf--depth-c>depth_summary.txtvcftools--vcfinput_data...
比较2个VCF文件,看哪些个体或者位点是2个文件共享的。指定第二个文件要用--diff --gzdiff or --diff-bcfvcftools --vcf test1.vcf --diff test2.vcf --out compare 1根据id保留或去除vcf文件的样本#保留 vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --keep id.txt > out.vcf #...
## 第一个参数正常指定,第二参数指定为--diff, --gzdiff 或者--diff-bcf vcftools --vcf input_data.vcf --diff other_data.vcf --recode --out compare 1. 2. 计算Allele Frequency: AI检测代码解析 vcftools --vcf input_data.vcf --freq --out output ...
bcftools concat concat-a.vcf concat-b.vcf -o combine_a_b_samesample_diffsites_bcftools.vcf 合并之后的vcf文件位点信息与其余两款软件处理结果一致,只不过在输出结果的header中会出现运行的命令,示例如下。 ##bcftools_concatVersion=1.3.1+htslib-1.3.1 ...
Using VCFtools, two VCF files can be compared to determine which sites and individuals are shared between them. The first file is declared using the input file options just like any other output function. The second file must be specified using--diff,--gzdiff, or--diff-bcf. There are also...