bcftools view -v snps your_file.vcf.gz | grep -vc "^#" #输出统计SNP数 bcftools +count XXX.vcf.gz #输出统计的样本数、SNP数、indel数等[vcf很大的时候运行的很慢] OK,let us vcftools 首先我的第一个需求,从vcf中提取部分Sample vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout ...
Vcftools是一款用于处理VCF文件的工具,它提供了许多用于VCF文件分析和处理的命令和功能。以下是Vcftools的一些常用命令: 1.vcf-merge:用于合并多个VCF文件。可以同时处理多个VCF文件,并将它们合并成一个新的VCF文件。 2.vcf-subset:用于提取VCF文件中的特定样本或位点。通过指定样本名或位点范围,可以从VCF文件中提取感...
# 对上述提取的sample.recode.vcf进行处理vcftools --vcf sample.recode.vcf\--window-pi100--window-pi-step5# 结果文件# out.windowed.pi 参数说明: --window-pi :指定窗口大小 --window-pi-step : 指定步长大小 out.windowed.pi 4. vcftools去除和保留vcf中指定样本 # 只保留sample01和sample02样本变异信...
3. 对vcf文件进行划窗处理：使用--window-pi和--window-pi-step参数，用户可以对vcf文件进行滑窗处理，统计每个自定义大小窗口内的变异位点数量和多态性pi值。4. 去除和保留vcf中指定样本：通过--keep和--remove参数，用户可以选择保留或删除特定样本的变异信息。5. 计算vcf文件的snp缺失率：使用--mi...
我选择的是每个群体保留六个样本(样本前缀名一直我就认为他们是来自同一个群体),最后我保留了38个个体 这一步大家可以自行进行处理或者给我留言获得inds_to_keep.txt文件。 提取指定的样本并删除indel vcftools--gzvcf Massoko_Dryad_VCF_final.vcf.gz --keep inds_to_keep.txt --stdout --recode --recode-...
–site-quality提取VCF文件中每个位点的QUAL信息 –missing-indv计算每个样本的缺失率,输出imiss –missing-site计算每个位点的缺失率。 –SNPdensity INT 一定窗口内的SNP数目和频率 –kept-sites,–remove-sites 通过过滤的位点到另一文件kept.sites文件,removed.sites中 ...
–chr n：选择染色体n，例：–chr 1 –recode：重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all：将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout：标准输出，后接管道命令 –gzip -c：压缩 --max-missing --max-missing的取值是0-1，为1时表示某个位点上所有的样本必须都有基因型，一...
提取指定的样本并删除indel 代码语言:javascript 复制 vcftools--gzvcf Massoko_Dryad_VCF_final.vcf.gz--keep inds_to_keep.txt--stdout--recode--recode-INFO-all--remove-indels|bgzip>Massoko_Dryad_VCF_final_subset_noIndels.vcf.gz 为了减小计算压力,进一步对文件进行处理(这一步使用到的两个参数自己还...
打开 depth_output.idepth 文件,提取每个样本的深度值,然后计算平均值。 总结: 通过执行上述步骤,您可以在 vcftools 中计算出平均测序深度,从而获得样本数据的整体测序质量信息。这对于评估测序数据的可靠性和准确性非常重要。 请确保在执行上述操作之前,您已经详细了解了您的数据和所需的计算,以及如何安装和使用 ...
解释下subpopu.txt这三列的意思。第一列为样本数,第二列为样本的ID,第三列为每个样本对应的population(如CHB、GWD) 其中,CHB为其中一个population,GWD为另一个population。 得到的结果文件为.fst格式,如图下所示: 参考链接: http://cnsgenomics.com/software/gcta/#Fst ...