搬运,这个是详细版的单细胞测序,这个视频详细介绍了单细胞测序和整体的RNA-seq 也就是转录组测序的区别。这个老哥有点印度口音哈哈哈哈, 视频播放量 1656、弹幕量 2、点赞数 57、投硬币枚数 27、收藏人数 167、转发人数 21, 视频作者 爱科研的医学生Vivian, 作者简介 要做
为了验证鉴定小鼠interneurons的Dlx1/2调控网络,作者分析了人脑的sNuc-Seq(Single nuclei RNA-Seq)数据集。 在人类脑sNuc-Seq数据集上,SCENIC也鉴定出由DLX1/2强烈驱动的interneurons细胞群,该群具有与小鼠相同的motif,并且识别出一组保守的靶标,包括DLX1本身。 接下来,作者将这种跨物种分析扩展到其他细胞类型。与基...
How does GEM-X help you detect fragile, low RNA–content cells? GEM-X增加了对脆弱、低RNA含量细胞的检测,扩大了发现潜力。由于细胞在GEM-X微流控芯片中的通道中移动得更快,脆弱的细胞在悬浮中的时间更短,可以被保存下来;高灵敏度确保检测到低RNA含量的细胞。 捕获这些细胞增加了原先技术无法捕获的细胞类型...
懿贝瑞:Single-Cell RNA-Seq助力肿瘤突变抗原特异性TCRs的发现 众所周知,T-cell receptors(TCR)的作用是识别抗原,在肿瘤免疫治疗当中发挥着重要作用。TCR分为两类:TCR1和TCR2,TCR1由γ和δ两条链组成,TCR2由α和β两条链组成。外周血中的T细胞有90%-95%表达TCR2,而且单个T细胞只表达TCR1和TCR2中的一个,...
然而,bulk RNA测序不能反映单细胞水平的转录组,只能反映总体平均RNA表达(自从用了这个神器,大规模RNA-seq数据挖掘我也可以)。 正常人肾脏的全面细胞解剖结构对于解决肾脏疾病和肾癌的细胞起源至关重要。一些肾脏疾病可能是细胞类型特异性的,尤其是肾小管细胞。为了研究人肾脏的分类和转录组信息,作者迅速获得了肾脏的单...
使用single-cell RNA-seq能够从海量的单细胞数据中揭示组织中不同细胞类型,以及同一细胞中不同基因的表达情况。这篇文章通过单细胞RNA-seq构造了小鼠雄性生殖细胞分化发育的表达动态图谱,揭示了关键调控因子,并且提供了一种分离最后阶段圆形精子的表面标...
首先我们先来回顾一下上一期讲到的Single cell RNA-seq 的原理,首先是2006年末端加A形成第一链cDNA的方法奠定了后来的单细胞转录组测序的问世,2009年,二代测序的发展结合末端加A的思路成就了第一篇单细胞转录组文章,2011年富集5端的带细胞Barcode的模板转换法原理启发了之后一大批单细胞转录组方法的建立。2012年,...
2.之后加入的template-switching oligonucleotide(TSO)引物,由于在合成时携带3个RNA碱基G,会同第一链cDNA末端多加的C碱基杂交,顺理成章地将模板转换成第一链cDNA,而不是再使用RNA酶将RNA降解后使cDNA上位为模板。这样,我们就有了双链的cDNA。 可以看到,由于START-seq是要做高通量的单细胞测序,因此,在TSO引物(图...
在本周一的文章(复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step))中,我们完成了scRNA-seq数据的质控(Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)- 原始数据质控)、批次校正、找Marker基因(单细胞分群后,怎么找到Marker基因定义每一类群?)、UMAP可视化和tSNE可视化(Hemberg-lab单细胞转录组数据分...
高通量测序现已被用于研究的各个领域,Bulk RNA-seq作为其中的突出代表,在比较转录组学,疾病研究中发挥着极大的作用。然则其功能依然有着相对薄弱的地方,例如表达水平是一群细胞的相对平均水平,对于复杂的表达时刻变化的系统无法使用,对于基因表达的特性也无法研究。