单细胞空间转录组测序：从组织到单细胞 单细胞ATAC测序：单细胞表观基因组学水平染色质可及性 单细胞蛋...
在本周一的文章(复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step))中,我们完成了scRNA-seq数据的质控(Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)- 原始数据质控)、批次校正、找Marker基因(单细胞分群后,怎么找到Marker基因定义每一类群?)、UMAP可视化和tSNE可视化(Hemberg-lab单细胞转录组数据分...
To help fill this gap, we profiled single-cell RNA-seq (scRNA-seq) to obtain transcriptome maps of 82,554 cavernous single cells from ED and non-ED samples. Cellular composition of cavernous tissues was explored by uniform manifold approximation and projection. Pseudo-time cell trajectory ...
对于所有经过sc-RNA seq的n_cell个细胞,我们得到了n_cell个疾病评分和n_cell×B个对照评分。 Step6:计算出疾病评分和对照评分,得到对应的p-value 不妨设B = n_cell= 1000, 在n_cell×B个对照评分中,考虑第c个细胞的疾病评分s_c: 当所有对照评分都小于s_c ,分子为1,分母接近10^6, p_c ≈ 10^−...
CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Res. 47, D721–D728 (2019). Article CAS Google Scholar Kiselev, V. Y., Yiu, A. & Hemberg, M. scmap: projection of single-cell RNA-seq data across data sets. Nat. Methods 15, 359–362 (...
在本周一的文章(复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step))中,我们完成了scRNA-seq数据的质控(Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)- 原始数据质控)、批次校正、找Marker基因(单细胞分群后,怎么找到Marker基因定义每一类群?)、UMAP可视化和tSNE可视化(Hemberg-lab单细胞转录组数据分...
BioSciToolWebsite:Github:亲爱的BioSciTools用户:高校开学已有些时间,此次更新带来基于测序输出结果的单细胞常规转录组(SingleCell RNA-Seq)数据分析程序。多个程序主要参考数据格式和数据分析流程,允许用户执行数据QC、细胞过滤、线粒体基因占比统计、Feature过滤、高变Feature鉴定、PCA分析及JackStraw对PCA的选择、细胞U...
只有下水才会学会游泳,今天我想下水了。首先本人对单细胞测序数据的处理一无所知,但看过一些单细胞测序的文章,有一些R语言基础和跑过一些RNA-seq上游分析的经验,流程是跑过但debug是全不会。 框架 1. 单细胞样本的准备: 无论是哪种生信数据分析都非常依赖于良好的测序数据。这里的良好不仅仅是建库和测序整个过程...
复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step),Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程(原理、代码和评述))
确定一下 cell 名的组成,构建好 metadata(行名) 和 count(列名) 矩阵能够对应 过滤掉外源 RNA (ERCC) 合并成为 seurat 对象 计算线粒体(MT),核糖体的 RNA(^RP[SL]) 比例并筛选数据 我们先处理第一个表达矩阵 # 这个是治疗前的第一个表达矩阵