Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutorialwww.embopress.org/doi/full/10.15252/msb.20188746 单细胞RNA测序(scRNA-seq )是一个飞速发展的领域,该技术帮助科研人员从一堆细胞(bulk)水平精细到单细胞(single-cell)水平研究基因的表达状态,从而可以更加精细的刻画科研对象的分子状态(例...
为了验证鉴定小鼠interneurons的Dlx1/2调控网络,作者分析了人脑的sNuc-Seq(Single nuclei RNA-Seq)数据集。 在人类脑sNuc-Seq数据集上,SCENIC也鉴定出由DLX1/2强烈驱动的interneurons细胞群,该群具有与小鼠相同的motif,并且识别出一组保守的靶标,包括DLX1本身。 接下来,作者将这种跨物种分析扩展到其他细胞类型。与基...
所以single cell RNA-seq的技术也应运而生,这种技术首先由M Azim Surani及汤富酬创建于2009年,发表于NATURE METHOD:Tang, Fuchou, Catalin Barbacioru, Yangzhou Wang, Ellen Nordman, Clarence Lee, Nanlan Xu, Xiaohui Wang, et al. 2009. “mRNA-Seq Whole-Transcriptome Analysis of a Single Cell.” Nat...
FastQ 是大部分最原始scRNASeq的数据,所有的单细胞RNA-seq测序数据都是双端paired-end测序,barcode序列可能会出现在一个read或者两个reads内(依据使用protocol的不同),但是使用UMI的方法产生的数据,一个read会包含UMI/barcode/adapters但是由于测序长度原因会不包含转录本序列,所以这个方法后续的处理是以单端测序的形式处...
Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial 摘要 这篇文章主要阐述了一个典型的单细胞 RNA-seq 分析的详细流程,包括了以下流程: pre-processing -数据预处理 quality control -质量控制 normalization -数据标准化 data correction -数据修正(batch correction, noise correction, etc.) ...
单细胞RNA测序Single Cell RNA Sequencing vs. Bulk RNA Sequencing 3876 1 7:35:42 App 生肉|Single cell RNA-seq data analysis with R (2019) 单细胞RNA测序数据分析教程 2万 31 31:32 App 30分钟拿下RNA-seq原理、操作方法、分析方法和应用场景 443 -- 3:15:30 App 单细胞RNA-seq ChiPster 6599...
BioSciToolWebsite:Github:亲爱的BioSciTools用户:高校开学已有些时间,此次更新带来基于测序输出结果的单细胞常规转录组(SingleCell RNA-Seq)数据分析程序。多个程序主要参考数据格式和数据分析流程,允许用户执行数据QC、细胞过滤、线粒体基因占比统计、Feature过滤、高变Feature鉴定、PCA分析及JackStraw对PCA的选择、细胞UM...
最厉害,最全,最新的莫过于Sean Davis小哥在Github上建的awesome-single-cell repository资源库: seandavi/awesome-single-cell 针对于初入门者的single-cell RNA-seq数据分析在线课程资料: Analysis of single…
[论文笔记] :MetaCell: analysis of single-cell RNA-seq data using K-nn graph partitions 论文是一种非参数方法将细胞分为不相交的细胞团,同时避免数据平滑 整个算法流程为: 1. 原始矩阵进行特征选择 2. 构建平衡KNN图:如果我们用传统的相似性网络作为基因的co-expr网络的时候,每个节点根据阈值的选择,不同...
theory based on the popular splicing analysis method rna velocity will also be demonstrated. finally, we will discuss our recent efforts to interpolate non-stationary time-series scrna-seq data using wasserstein-fisher-rao-metric unbala...