为了验证鉴定小鼠interneurons的Dlx1/2调控网络,作者分析了人脑的sNuc-Seq(Single nuclei RNA-Seq)数据集。 在人类脑sNuc-Seq数据集上,SCENIC也鉴定出由DLX1/2强烈驱动的interneurons细胞群,该群具有与小鼠相同的motif,并且识别出一组保守的靶标,包括DLX1本身。 接下来,作者将这种跨物种分析扩展到其他细胞类型。与基...
懿贝瑞:Single-Cell RNA-Seq助力肿瘤突变抗原特异性TCRs的发现 众所周知,T-cell receptors(TCR)的作用是识别抗原,在肿瘤免疫治疗当中发挥着重要作用。TCR分为两类:TCR1和TCR2,TCR1由γ和δ两条链组成,TCR2由α和β两条链组成。外周血中的T细胞有90%-95%表达TCR2,而且单个T细胞只表达TCR1和TCR2中的一个,...
使用R语言介绍单细胞RNA-Seq数据的差异表达特征及聚类识别 252 -- 21:55 App 介绍数种单细胞数据处理的软件 浏览方式(推荐使用) 哔哩哔哩 你感兴趣的视频都在B站 打开信息网络传播视听节目许可证:0910417 网络文化经营许可证 沪网文【2019】3804-274号 广播电视节目制作经营许可证:(沪)字第01248号 增值电信业务...
使用single-cell RNA-seq能够从海量的单细胞数据中揭示组织中不同细胞类型,以及同一细胞中不同基因的表达情况。这篇文章通过单细胞RNA-seq构造了小鼠雄性生殖细胞分化发育的表达动态图谱,揭示了关键调控因子,并且提供了一种分离最后阶段圆形精子的表面标...
Figure 1. Schematic of a typical single-cell RNA-seq analysis workflow. 原始数据预处理和比对后获得gene count矩阵后作为本分析流程的开始。 2. 数据预处理 - Pre-processing 数据预处理的目的是获得counts矩阵或者read counts 矩阵,这两者的区别取决于测序时候是否加入UMIs作为分子识别符(molecular identifier)。
PIPseq™ T20 3' Single Cell RNA Kit v4.0PLUS Supplier:Fluent Biosciences FBS-SCR-T20-STKIT-FLU PIPseq™ T20 3' Single Cell Starter Equipment Kit Supplier:Fluent Biosciences FBS-UDI-96-FLU PIPseq™ Unique Dual Index (UDI) - 96 Kit ...
CEL-seq2使用体外逆转录的扩增方法,同时引入了UMI (unique molecular identifiers),使用UMI计数RNA的Transcripts数在2012年发表于Nature Method,UMI也被后来的几乎所有的单细胞高通量转录组测序方法所使用。 还是从细胞里的mRNA出发,这里用于反转的oligo-dT引物这一次组件丰富许多,带有Barcode,UMI,测序接头,还有就是T7启...
首先我们先来回顾一下上一期讲到的Single cell RNA-seq 的原理,首先是2006年末端加A形成第一链cDNA的方法奠定了后来的单细胞转录组测序的问世,2009年,二代测序的发展结合末端加A的思路成就了第一篇单细胞转录组文章,2011年富集5端的带细胞Barcode的模板转换法原理启发了之后一大批单细胞转录组方法的建立。2012年,...
在文章Single-cell RNA sequencing of human kidney中,作者介绍了来自三个人类供体肾脏的23,366个高质量细胞的scRNA-seq数据,并将正常人肾细胞划分为10个clusters。其中,近端肾小管(PT)细胞被分为三个亚型,而集合导管细胞被分为两个亚型。该数据为肾细胞生物学和肾脏疾病的研究提供了可靠的参考。
高通量测序现已被用于研究的各个领域,Bulk RNA-seq作为其中的突出代表,在比较转录组学,疾病研究中发挥着极大的作用。然则其功能依然有着相对薄弱的地方,例如表达水平是一群细胞的相对平均水平,对于复杂的表达时刻变化的系统无法使用,对于基因表达的特性也无法研究。