复现原文(二):Single-cell RNA sequencing of human NGS系列文章包括 NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序… 生信宝典 ...发表于生信宝典 平平无奇的单细胞RNA-seq分析加上平平无...
在本周一的文章(复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step))中,我们完成了scRNA-seq数据的质控(Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)- 原始数据质控)、批次校正、找Marker基因(单细胞分群后,怎么找到Marker基因定义每一类群?)、UMAP可视化和tSNE可视化(Hemberg-lab单细胞转录组数据分...
单细胞测序技术(single cell sequencing)是指在单个细胞水平上,对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术,它能够弥补传统高通量测序的局限性,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性。2013年,单细胞测序技术被《Science》将其列为年度最值得关注的六大领域榜首;2015年再次登上Science...
Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutorialwww.embopress.org/doi/full/10.15252/msb.20188746 单细胞RNA测序(scRNA-seq )是一个飞速发展的领域,该技术帮助科研人员从一堆细胞(bulk)水平精细到单细胞(single-cell)水平研究基因的表达状态,从而可以更加精细的刻画科研对象的分子状态(例...
在文章Single-cell RNA sequencing of human kidney中,作者介绍了来自三个人类供体肾脏的23,366个高质量细胞的scRNA-seq数据,并将正常人肾细胞划分为10个clusters。其中,近端肾小管(PT)细胞被分为三个亚型,而集合导管细胞被分为两个亚型。该数据为肾细胞生物学和肾脏疾病的研究提供了可靠的参考。
cell subsets contributes to the immunosuppressive TME, leading to cancer progression and the failure of ICB. The application of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) provides insights into TME heterogeneity. Th1 cell, CD4+T helper 1 cell; NK cell, natural killer cell; TAM, tumor-associated ...
复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step),Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程(原理、代码和评述))
单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术作为一项革命性工具,在单细胞水平上对转录组进行分析,已经被广泛用于多个方面的生物医学研究,包括肿瘤异质性研究、新细胞类型的鉴定、组织发育与细胞分化过程研究和基因调控网络研究等。通过scRNA-seq获得高通量的单细胞转录组数据后,利用原位组织学验证是目前流行...
要在基因-细胞 scRNA-seq 矩阵expr和附带数据框meta上使用默认参数运行 Augur（其中包含cell_type和label...
Chen Z , Zhou L , Liu L , et al. Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in bladder urothelial carcinoma[J]. Nature Communications, 2020, 11(1):5077. 作者:生信阿拉丁 链接:https://www.jianshu.com/p/a09a67e4566b...