复现原文(二):Single-cell RNA sequencing of human NGS系列文章包括 NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序… 生信宝典 ...发表于生信宝典 RNA 干扰 - RNA interference RNA interf...
Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutorialwww.embopress.org/doi/full/10.15252/msb.20188746 单细胞RNA测序(scRNA-seq )是一个飞速发展的领域,该技术帮助科研人员从一堆细胞(bulk)水平精细到单细胞(single-cell)水平研究基因的表达状态,从而可以更加精细的刻画科研对象的分子状态(例...
在先前的研究中,研究人员对肾脏不同组成部分进行了bulk RNA测序(RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq,你想知道的都在这(续)),为理解不同片段的转录组提供参考。然而,bulk RNA测序不能反映单细胞水平的转录组,只能反映总体平均RNA表达(自从用了这个神器,大规模RNA-seq数据挖掘我也可以)。 正常人肾脏的...
在本周一的文章(复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step))中,我们完成了scRNA-seq数据的质控(Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)- 原始数据质控)、批次校正、找Marker基因(单细胞分群后,怎么找到Marker基因定义每一类群?)、UMAP可视化和tSNE可视化(Hemberg-lab单细胞转录组数据分...
单细胞测序技术(single cell sequencing)是指在单个细胞水平上,对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术,它能够弥补传统高通量测序的局限性,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性。2013年,单细胞测序技术被《Science》将其列为年度最值得关注的六大领域榜首;2015年再次登上Science...
单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术作为一项革命性工具,在单细胞水平上对转录组进行分析,已经被广泛用于多个方面的生物医学研究,包括肿瘤异质性研究、新细胞类型的鉴定、组织发育与细胞分化过程研究和基因调控网络研究等。通过scRNA-seq获得高通量的单细胞转录组数据后,利用原位组织学验证是目前流行...
Chen Z , Zhou L , Liu L , et al. Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in bladder urothelial carcinoma[J]. Nature Communications, 2020, 11(1):5077. 作者:生信阿拉丁 链接:https://www.jianshu.com/p/a09a67e4566b...
Therapy-Induced Evolution of Human Lung Cancer Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 这篇教程我将分为四个阶段完整的阐述单细胞的主流的下游分析流程 数据预处理(数据准备阶段) seurat 基础分析 免疫细胞识别 inferCNV 的实现 先来第一部分数据预处理 ...
10月,Broad研究所张锋教授团队在Nature Methods上发表题为“Massively Parallel Single-Nucleus RNA-Seq with DroNc-Seq (doi: 10.1038/nmeth.4407)” 的文章,提出了一个新的测序技术:DroNc-Seq单细胞表达谱分析技术。该技术融合了sNuc-Seq技术与微流控技术的单细胞核RNA测序方法,可以在结构复杂的组织中更有效地分析...
Single Cell Sequencing技术,即利用优化后的高通量测序技术(NGS,Next Generation Sequencing)分析每一个单个细胞的序列信息,从而更高分辨率地揭示细胞间的细胞差异以及其在微环境中的功能情况。 那么问题就来了: 1. 如何获得单个细胞?如果无法获得单个细胞这一切都是不成立的。