为了验证鉴定小鼠interneurons的Dlx1/2调控网络,作者分析了人脑的sNuc-Seq(Single nuclei RNA-Seq)数据集。 在人类脑sNuc-Seq数据集上,SCENIC也鉴定出由DLX1/2强烈驱动的interneurons细胞群,该群具有与小鼠相同的motif,并且识别出一组保守的靶标,包括DLX1本身。 接下来,作者将这种跨物种分析扩展到其他细胞类型。与基...
介绍为什么要做单细胞rna测序,以及具体如何做, 视频播放量 120、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 5、转发人数 0, 视频作者 小云爱生信, 作者简介 我司将持续更新生物信息学,相关视频,文章,关注可私信提问哦!,相关视频:单细胞RNAseq 处理与质控,RNAseq数
懿贝瑞:Single-Cell RNA-Seq助力肿瘤突变抗原特异性TCRs的发现 众所周知,T-cell receptors(TCR)的作用是识别抗原,在肿瘤免疫治疗当中发挥着重要作用。TCR分为两类:TCR1和TCR2,TCR1由γ和δ两条链组成,TCR2由α和β两条链组成。外周血中的T细胞有90%-95%表达TCR2,而且单个T细胞只表达TCR1和TCR2中的一个,...
使用single-cell RNA-seq能够从海量的单细胞数据中揭示组织中不同细胞类型,以及同一细胞中不同基因的表达情况。这篇文章通过单细胞RNA-seq构造了小鼠雄性生殖细胞分化发育的表达动态图谱,揭示了关键调控因子,并且提供了一种分离最后阶段圆形精子的表面标...
然而,bulk RNA测序不能反映单细胞水平的转录组,只能反映总体平均RNA表达(自从用了这个神器,大规模RNA-seq数据挖掘我也可以)。 正常人肾脏的全面细胞解剖结构对于解决肾脏疾病和肾癌的细胞起源至关重要。一些肾脏疾病可能是细胞类型特异性的,尤其是肾小管细胞。为了研究人肾脏的分类和转录组信息,作者迅速获得了肾脏的单...
就像前面提到的,比如要做IVT原理的高通量单细胞转录组,目前可以用inDrops配合CEL-seq2的建库思路的组合达到更高效。 还是那句话,涉及到的方法比较多,如有纰漏的地方大家及时指出,我们及时修改,大家一起进步! 1. Hedlund E, Deng Q. Single-cell RNA sequencing: Technical advancements and biological applications[...
在本周一的文章(复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step))中,我们完成了scRNA-seq数据的质控(Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)- 原始数据质控)、批次校正、找Marker基因(单细胞分群后,怎么找到Marker基因定义每一类群?)、UMAP可视化和tSNE可视化(Hemberg-lab单细胞转录组数据分...
批量RNA-seq分析提取样本中的所有RNA，可能包含数万或数十万个细胞，然后对RNA进行序列分析。然而，这种...
首先我们先来回顾一下上一期讲到的Single cell RNA-seq 的原理,首先是2006年末端加A形成第一链cDNA的方法奠定了后来的单细胞转录组测序的问世,2009年,二代测序的发展结合末端加A的思路成就了第一篇单细胞转录组文章,2011年富集5端的带细胞Barcode的模板转换法原理启发了之后一大批单细胞转录组方法的建立。2012年,...
PIPseq™ T20 3' Single Cell RNA Kit v4.0PLUS Supplier:Fluent Biosciences FBS-SCR-T20-STKIT-FLU PIPseq™ T20 3' Single Cell Starter Equipment Kit Supplier:Fluent Biosciences FBS-UDI-96-FLU PIPseq™ Unique Dual Index (UDI) - 96 Kit ...