seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta # 每行输出指定碱基n seqkit seq -w n ex.fasta # DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,切每行100碱基 seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式...
2.1. 序列操作 seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出seqkitseqex.fasta -w 0 > test.fasta# 每行输出指定碱基nseqkitseq-w n ex.fasta# DNA序列转换为RNA序列seqkitseq--dna2rna ex.fasta# 取反向互补,切每行100碱基seqkitseq-w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式转换 fa...
seqkit seq test.fa -w 0#将此文件fasta序列转换成一行输出 seqkit seq -w 100 test.fa#将此文件fasta序列转换成100个碱基一行输出 seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格...
4.DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq test.fa --nda2rna > test_rna.fa 5.RNA序列转换为DNA序列 seqkit seq test.fa rna2dna > test_dna.fa 6.将序列以小写字母的形式输出 seqkit seq test.fa -l > test_lower.fa 7.将序列以大写字母的形式输出 seqkit seq test.fa -u > test_upper.fa 8.指定每...
seqkitseq[flags]file 参数 代码语言:shell 复制 # 将序列转换为一行输出seqkitseqex.fasta-w0>test.fasta# 每行输出指定碱基nseqkitseq-wn ex.fasta# DNA序列转换为RNA序列seqkitseq--dna2rnaex.fasta# 取反向互补,切每行100碱基seqkitseq-w100-p-rex.fasta>test.fasta ...
seqkit seq test.fa -w 0#将此文件fasta序列转换成一行输出 seqkit seq -w 100 test.fa#将此文件fasta序列转换成100个碱基一行输出 seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 ...
seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab ...
seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab ...
seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab ...
seqkit seq [flags] file 参数 参数作用 -p取互补序列 --dna2rnaDNA to RNA -l序列以小写字母输出 -g移除组装序列中的gap -r取反向序列 --rna2dnaRNA to DNA -u序列以大写字母输出 -w每行指定长度数据序列(default=60) # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta # 每行输出...