提取序列后,你可以使用其他生物信息学工具或脚本对序列进行进一步的分析或操作。例如,你可以使用seqkit stats来查看提取序列的统计信息: bash seqkit stats extracted_seq2.fasta 这将输出关于提取序列的一些基本统计信息,如序列长度、GC含量等。 希望这些步骤能帮助你成功地使用seqkit提取序列!
seqkit seq test.fa -l > test_lower.fa 7.将序列以大写字母的形式输出 seqkit seq test.fa -u > test_upper.fa 8.指定每行序列的输出长度(为0的话,代表为一整行,默认的输出 长度是60个碱基) seqkit seq test.fa -w 10 > test_10.fa (指定序列的长度为10) 9.将多行序列转换为一行序列 seqkit ...
seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出seqkitseqex.fasta -w 0 > test.fasta# 每行输出指定碱基nseqkitseq-w n ex.fasta# DNA序列转换为RNA序列seqkitseq--dna2rna ex.fasta# 取反向互补,切每行100碱基seqkitseq-w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式转换 fa2fa # fastq ...
seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta # 每行输出指定碱基n seqkit seq -w n ex.fasta # DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,切每行100碱基 seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式...
2、序列长度分布统计 xUsage: seqkit stat [flags] 举例: seqkit stat test.fa 输出结果: 四、根据ID或特定的motif筛选提取序列 seqkit grep [flags] 参数: -n, --by-name 匹配整个序列的名字,包含deion部分,而不是序列id。 -s, --by-seq 匹配序列 ...
1.能够非常全面的处理fasta/q文件,运行速度超快的序列工具 2.支持多平台(Linux/Windows/macOS)使用,是一款轻量级软件 3.可以做到开箱即用(无依赖,无需编译,无需配置) 安装 conda install-c bioconda seqkit 参数 参数 基本用法 seqkit seq test.fa#查看 fa文件 seqkit translate test.fa > protein.fa #转化为...
再使用CD-hit 命令默认参数将序列进行去重复 然后使用seqkit seq -i 获取序列的id 再使用seqkit grep -f 获取原先每个bin中的fasta序列 注:转成氨基酸序列后,保证了序列相似度识别的准确性,再进行去冗余后可以尽可能保证剩余序列的唯一性
输出所有统计数据,包括 seq 长度的四分位数、sum_gap、N50 代码语言:javascript 复制 # 统计信息 seqkit stats *.f{a,q}.gz # 结果如下图 示例 2.4. 根据ID提取序列 代码语言:javascript 复制 seqkit grep 参数 参数 作用 -n 匹配整个序列的名字 -s 匹配序列 -d pattern/motif 包含简并碱基 -i 忽略...
四、根据ID或特定的motif筛选提取序列 seqkit grep [flags] 参数: -n, --by-name 匹配整个序列的名字,包含description部分,而不是序列id。 -s, --by-seq 匹配序列 -d, --degenerate pattern/motif 包含简并碱基 -i, --ignore-case 忽略大小写
2.3. 序列信息统计 # 序列长度分布统计 seqkit stat [flags] 参数 参数作用 -a输出所有统计数据,包括 seq 长度的四分位数、sum_gap、N50 # 统计信息 seqkit stats *.f{a,q}.gz # 结果如下图 示例 2.4. 根据ID提取序列 seqkit grep 参数 参数作用 ...