(base) [root@pc1 test1]# seqkit grep -v -f rm.list a.fa## 删除命令[INFO]2patterns loadedfromfile>chr1 tttcccggg>chr3 ccc 。
3、sort:排序(可以对整列排序) 4、wc:统计字符、字数、行数 5、uniq:去重(只去除连续的重复值) 6、tee:双向重定向 7、split:文件切分(按字节大小、按行等) 8、xargs:参数代换(结合pipe使用) 9、tr、替换、压缩和删除 2、具体操作 (1)cut 切分:cut [option] <file> -d c:以c字符分割 -f num:显示...
再使用CD-hit 命令默认参数将序列进行去重复 然后使用seqkit seq -i 获取序列的id 再使用seqkit grep -f 获取原先每个bin中的fasta序列 注:转成氨基酸序列后,保证了序列相似度识别的准确性,再进行去冗余后可以尽可能保证剩余序列的唯一性
--alphabet-guess-seq-length int seqkit根据第一个FASTA记录猜测序列类型的序列前缀的长度(0表示整个序列)(默认10000) -h, --help 显示帮助 --id-ncbi FASTA头是ncbi风格的,例如>gi|110645304|ref|NC_002516.2 --id-regexp string 用于解析ID的正则表达式(default "^(\\S+)\\s?"),匹配空格前的部分为序...
seqkit seq test.fa#查看 fa文件 seqkit translate test.fa > protein.fa #转化为蛋白序列 seqkit translate test.fa --trim >protein.fa #去除* seqkit grep -f test_id.txt test.fa -o new_test.fa #根据id提取序列 seqkit seq hairpin.fa.gz -n -i #展示序列ID...
在使用seqkit工具根据ID提取序列时,你可以按照以下步骤进行操作: 确认seqkit工具已经安装并可用: 在命令行中运行以下命令来检查seqkit是否已安装: bash seqkit version 如果已安装,你将看到seqkit的版本信息。如果未安装,你需要先安装seqkit。 准备包含序列ID的文件: 假设你有一个包含序列ID的文件,名为ids.txt,内...
CCUAGCUUUCCU #多次使用 $ zcat hairpin.fa.gz | seqkit grep -r -p ^hsa -p ^mmu -v #根据ID提取序列 $ seqkit grep -f id.txt seqs.fq.gz -o result.fq.gz # ignore case $ seqkit grep -i -f id.txt seqs.fq.gz -o result.fq.gz...
说下方法，可以用万能的sed。使用sed来匹配你要的id，然后再读取下一行，一起放在模式空间。然后再用...
生物信息学入门-使用seqkit工具替换fasta文件序列id的内容 - 小明的数据分析笔记本于20210823发布在抖音,已经收获了2381个喜欢,来抖音,记录美好生活!
根据id 提取序列 fasta fastq好像也可以 代码语言:javascript 复制 seqkit grep sample-1.fasta-f id.list id只是一部分好像也可以 比如我这里fasta文件 的完整id是SRR6236885.sra.9047 3a19e708-9d65-4f29-a332-d2e9a2b39234_Basecall_Alignment length=2375 ...