seqkit grep如何根据ID号只提取序列不提取出其他信息 linux grep提取数字,数据提取操作1、操作命令(都可以结合pipe使用)1、cut:切分操作(可以切分出一整列)2、grep:检索(可以使用正则表达式)3、sort:排序(可以对整列排序)4、wc:统计字符、字数、行数5、uniq:
# 统计信息seqkit stats *.f{a,q}.gz# 结果如下图 2.4. 根据ID提取序列 seqkit grep 参数 # 选取有起始密码子的序列seqkit grep -s -r -i -p ^atg ex.fa# 根据ID提取序列seqkit grep -f list ex.fa > new.fa# 简并碱基使用。S 代表C or G.seqkit grep -s -d -i -p TTSAA# 匹配限定到...
宏基因组二代测序结果binning之后的序列可能存在重复,首先使用prokka将binning后的序列转化为蛋白序列, 再使用CD-hit 命令默认参数将序列进行去重复 然后使用seqkit seq -i 获取序列的id 再使用seqkit grep -f 获取原先每个bin中的fasta序列 注:转成氨基酸序列后,保证了序列相似度识别的准确性,再进行去冗余后可以尽...
1. seqkit 软件根据序列id，从fa文件中提取序列 conda install -c bioconda seqkit seqkit grep -f ge...
2.4. 根据ID提取序列 代码语言:shell 复制 seqkitgrep 参数 代码语言:shell 复制 # 选取有起始密码子的序列seqkitgrep-s-r-i-p^atg ex.fa# 根据ID提取序列seqkitgrep-flist ex.fa>new.fa# 简并碱基使用。S 代表C or G.seqkitgrep-s-d-i-pTTSAA# 匹配限定到某区域seqkitgrep-s-R1:30-i-r-pGCTGG#...
seqkit grep -f list test.fa > new.fa#根据ID提取序列 seqkit grep -s -d -i -p TTSAA#简并碱基使用。S 代表C or G. seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG##匹配限定到某区域 五、motif定位 对grep的拓展,可以正反链同时匹配,输出匹配的位置。
# 输出序列长度,GC含量,名字,ID seqkit fx2tab -l -g -n -i -H ex.fasta 2.3. 序列信息统计 # 序列长度分布统计 seqkit stat [flags] 参数 # 统计信息 seqkit stats *.f{a,q}.gz # 结果如下图 示例 2.4. 根据ID提取序列 seqkit grep
# 选取有起始密码子的序列 seqkit grep -s -r -i -p ^atg ex.fa # 根据ID提取序列 seqkit grep -f list ex.fa > new.fa # 简并碱基使用。S 代表C or G. seqkit grep -s -d -i -p TTSAA # 匹配限定到某区域 seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG# ...
2、序列长度分布统计 xUsage: seqkit stat [flags] 举例: seqkit stat test.fa 输出结果: 四、根据ID或特定的motif筛选提取序列 seqkit grep [flags] 参数: -n, --by-name 匹配整个序列的名字,包含deion部分,而不是序列id。 -s, --by-seq 匹配序列 ...
seqkit grep -f list test.fa > new.fa#根据ID提取序列 seqkit grep -s -d -i -p TTSAA#简并碱基使用。S 代表C or G. seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG##匹配限定到某区域 五、motif定位 对grep的拓展,可以正反链同时匹配,输出匹配的位置。