在使用seqkit工具根据ID提取序列时,你可以按照以下步骤进行操作: 确认seqkit工具已经安装并可用: 在命令行中运行以下命令来检查seqkit是否已安装: bash seqkit version 如果已安装,你将看到seqkit的版本信息。如果未安装,你需要先安装seqkit。 准备包含序列ID的文件: 假设你有一个包含序列ID的文件,名为ids.txt,内...
seqkit grep如何根据ID号只提取序列不提取出其他信息 linux grep提取数字,数据提取操作1、操作命令(都可以结合pipe使用)1、cut:切分操作(可以切分出一整列)2、grep:检索(可以使用正则表达式)3、sort:排序(可以对整列排序)4、wc:统计字符、字数、行数5、uniq:
还有seqkit的方法("苏牧传媒"): https://www.jianshu.com/p/471283080bd6
seqkit 从基因组根据ID提取序列2021-01-27 candel关注赞赏支持seqkit 从基因组根据ID提取序列2021-01-27 candel关注IP属地: 浙江 2021.01.27 10:56:07字数21阅读3,237 seqkit grep -f list test.fa > new.fa 参考:https://blog.csdn.net/weixin_29148445/article/details/111931414最后编辑于 :2021.01.27 10:...
可用命令sed来提取关键字下一行，命令如下：sed -n '/EVM0068010/{n;p}' upstream_2kb.fasta /关键...
可以用万能的sed。使用sed来匹配你要的id，然后再读取下一行，一起放在模式空间。然后再用正则提取你...