cat hairpin.fa.gz | seqkit grep -s -i -p aggcg |head # 统计 cat hairpin.fa.gz | seqkit grep -s -i -p aggcg | seqkit stats # 去除 包含特定组合碱基的序列 zcat hairpin.fa.gz | seqkit grep -s -r -i -p ^aggcg |head 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 1...
seqkit common test1.fa test2.fa -s -i -o common.fasta # 输出要比较的文件中序列相同的序列 (for large sequences) seqkit common test1.fa test2.fa -s -i -o common.fasta --md5 2.7. 文件切割 seqkit split [flags] 参数 # 将一个文件切割为 4 份 seqkit split ex.fa -p 4 参考资料 [...
cat hairpin.fa.gz | seqkit grep -s -i -p aggcg | seqkit stats # 去除 包含特定组合碱基的序列 zcat hairpin.fa.gz | seqkit grep -s -r -i -p ^aggcg |head locate 输出匹配位置 # 其他两种输出格式 zcat hairpin.fa.gz | seqkit locate -i -d -p AUGGACUN --bed zcat hairpin.fa.gz ...
-i 忽略大小写 -m use MD5 reduce memory usage 代码语言:javascript 复制 # By ID (default,>后面,空格之前的名字)输出ID名字相同的。 seqkit common test1.fa test2.fa -o common.fasta # By full name(整个序列的名字,包含description部分)。输出序列名字相同的。 seqkit common test1.fa test2.fa -n...
Wei Shen*, Botond Sipos, and Liuyang Zhao. 2024. SeqKit2: A Swiss Army Knife for Sequence and Alignment Processing.iMetae191.doi:10.1002/imt2.191. Wei Shen, Shuai Le, Yan Li*, and Fuquan Hu*. SeqKit: a cross-platform and ultrafast toolkit for FASTA/Q file manipulation.PLOS ONE.doi:10...
seqkit seq hairpin.fa.gz -n -i --id-regexp "^[^\s]+\s([^\s]+)\s" | head 单行/多行转换 -s提取并展示序列 -w 代表每行的碱基数量,0代表不换行 #仅仅提取序列 -s seqkit seq gene.fa -s -w 0|head #--将多行序列转化为标准4行FASTQ ...
seqkit grep -s -d -i -p TTSAA#简并碱基使用。S 代表C or G. seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG##匹配限定到某区域 五、motif定位 对grep的拓展,可以正反链同时匹配,输出匹配的位置。 seqkit locate [flags] 参数: -d, --degenerate ...
seqkit grep -s -r -i -p ^atg cds.fa#选取有起始密码子的序列 seqkit grep -f list test.fa > new.fa#根据ID提取序列 seqkit grep -s -d -i -p TTSAA#简并碱基使用。S 代表C or G. seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG##匹配限定到某区域 ...
# 选取有起始密码子的序列seqkit grep -s -r -i -p ^atg ex.fa# 根据ID提取序列seqkit grep -f list ex.fa > new.fa# 简并碱基使用。S 代表C or G.seqkit grep -s -d -i -p TTSAA# 匹配限定到某区域seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG# ...
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