cat hairpin.fa.gz | seqkit grep -s -i -p aggcg |head # 统计 cat hairpin.fa.gz | seqkit grep -s -i -p aggcg | seqkit stats # 去除 包含特定组合碱基的序列 zcat hairpin.fa.gz | seqkit grep -s -r -i -p ^aggcg |head 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 1...
seqkit common test1.fa test2.fa -s -i -o common.fasta # 输出要比较的文件中序列相同的序列 (for large sequences) seqkit common test1.fa test2.fa -s -i -o common.fasta --md5 2.7. 文件切割 seqkit split [flags] 参数 # 将一个文件切割为 4 份 seqkit split ex.fa -p 4 参考资料 [...
seqkit grep -s -r -i -p ^atg cds.fa#选取有起始密码子的序列 seqkit grep -f list test.fa > new.fa#根据ID提取序列 seqkit grep -s -d -i -p TTSAA#简并碱基使用。S 代表C or G. seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG##匹配限定到某区域 五、motif定位 对grep的拓展,可以正反...
Wei Shen*, Botond Sipos, and Liuyang Zhao. 2024. SeqKit2: A Swiss Army Knife for Sequence and Alignment Processing.iMetae191.doi:10.1002/imt2.191. Changes SeqKit v2.9.0- 2024-11-01 seqkit: Fix sequence ID parsing with the default regular expression (in this case, we actually use bytes....
# 选取有起始密码子的序列seqkit grep -s -r -i -p ^atg ex.fa# 根据ID提取序列seqkit grep -f list ex.fa > new.fa# 简并碱基使用。S 代表C or G.seqkit grep -s -d -i -p TTSAA# 匹配限定到某区域seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG# ...
seqkit fx2tab -l -g -n -i -H test.fa 输出结果: #name seq qual length GC gene1 30 40.00 2、序列长度分布统计 xUsage: seqkit stat [flags] 举例: seqkit stat test.fa 输出结果: file format type num_seqs sum_len min_len avg_len ...
seqkit grep -s -r -i -p ^atg cds.fa#选取有起始密码子的序列 seqkit grep -f list test.fa > new.fa#根据ID提取序列 seqkit grep -s -d -i -p TTSAA#简并碱基使用。S 代表C or G. seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG##匹配限定到某区域 ...
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seqkit grep-s-R1:30-i-r-pGCTGG# 2.5. motif定位 代码语言:javascript 复制 seqkit locate[flags] 参数 代码语言:javascript 复制 seqkit locate-i-d-pAUGGACUNex.fa 2.6. 多个文件寻找相同的序列 代码语言:javascript 复制 seqkit common[flags]
seqkit grep -s -d -i -p TTSAA test.fa##匹配限定到某区域seqkit grep -s -R 1:100 -i -r -p GCTGG test.fa5)motif定位对grep的拓展,可以正反链同时匹配,输出匹配的位置。seqkit locate [flags]参数-d, --degenerate pattern/motif contains degenerate base-i, --ignore-case ignore case-P, -...