seqkit subseq -r 1:100 data/genome.fa --chr chr1 > out.fa 这条命令会从data/genome.fa文件中提取染色体chr1上第1到第100个碱基的子序列,并将结果保存到out.fa文件中。 通过BED文件提取序列: bash seqkit subseq --bed data/gene.bed data/genome.fa > out.fa 这条命令会根据data/gene...
seqkit grep如何根据ID号只提取序列不提取出其他信息 linux grep提取数字,数据提取操作1、操作命令(都可以结合pipe使用)1、cut:切分操作(可以切分出一整列)2、grep:检索(可以使用正则表达式)3、sort:排序(可以对整列排序)4、wc:统计字符、字数、行数5、uniq:
seqkit subseq使用 通过阅读官网介绍以及找到的教程,确定应该使用seqkit subseq取出需要的基因组序列信息 subseq功能介绍 官网给的简介是get subsequences by region/gtf/bed, including flanking sequences. 按区域/gtf/bed文件获取子序列,包括侧翼序列。 并且给了详细的使用说明seqkit subseq seqkit subseq -h #查看sub...
所以两件事：找到关键字；读取下一行；可用命令sed来提取关键字下一行，命令如下：sed -n '/EVM0068010...
再使用CD-hit 命令默认参数将序列进行去重复 然后使用seqkit seq -i 获取序列的id 再使用seqkit grep -f 获取原先每个bin中的fasta序列 注:转成氨基酸序列后,保证了序列相似度识别的准确性,再进行去冗余后可以尽可能保证剩余序列的唯一性
Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件,由go语言编写,功能比较完善,软件使用也很稳定。 优点1.能够非常全面的处理fasta/q文件,运行速度超快的序列工具...
seqkit集众多功能于一体,今天只接受subseq,用于提取基因 Usage: seqkit subseq [flags] Flags: --bed string by tab-delimited BED file --chr strings select limited sequence with sequence IDs when using --gtf or --bed (multiple value supported, case ignored) -d, --down-stream int down stream len...
seqkit 从基因组根据ID提取序列2021-01-27 candel关注IP属地: 湖南 2021.01.27 10:56:07字数21阅读3,261 seqkit grep -f list test.fa > new.fa 参考:https://blog.csdn.net/weixin_29148445/article/details/111931414最后编辑于 :2021.01.27 10:56:56 ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者平台...
根据ID从FASTA文件中批量提取序列是做序列分析常做的事情,有网友让我帮忙从11万条中挑选7万条,我自己写写了一个,太慢了;后来发现Biopython官方文档里面“Cookbook – Cool things to do with it”第一件事就是做这个事情的,后来我又学习了“冷月”小伙伴在知乎的帖子,稍微改写了一下,其实就是ctrl+c和ctrl+...