[root@pc1 test4]#cat test.fa ## 测试fasta文件>contig_1 ATAGAGACGACC>contig_2 ATAGGACNNAGACACGTTAGAT>contig_3 TTGCACATATACATCATNNN>contig_4 GTATGAGCATAGACATACATC [root@pc1 test4]#seqkit grep-f list test.fa ## 提取contig[INFO]2patterns loadedfromfile>contig_1 ATAGAGACGACC>contig_3...
# 提取1号染色体序列seqkit grep -p1Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa\-o Homo_sapiens.G...
使用seqkit sort [flags]命令按名称id/长度执行序列排序。# 按序列长名称full name/id排序，忽略大小写...
7. grep序列 zcat hairpin.fa.gz | seqkit grep -r -p ^hsa #提取ID开头为hsa的reads -v取想反zcat hairpin.fa.gz | seqkit grep -f list > new.fa #根据list取子集cat hairpin.fa.gz | seqkit grep -s -i -p aggcg #提取序列里有AGGCG的reads -m 允许误配的数量zcat hairpin.fa.gz | seqk...
fa2fq:从FASTA文件中提取FASTQ文本。 fx2tab:将FASTQ/FASTA文件转换为表格格式,包含GC含量和质量等信息。 genautocomplete:生成shell自动完成脚本(bash、zsh、fish、powershell)。 grep:通过ID、名称、序列或motif搜索序列,允许不匹配。 head:提取前n条序列。 head-genome:打印第一个基因组的序列,名称中有共同的前缀...
seqkit sample -p 0.001 duplicated-reads.fq.gz 用于匹配需要的序列 按照文件中名字匹配（一行只能存储一个名字）seqkit grep -f id.txt duplicated-reads.fq.gz 注意保存序列名用seqkit seq -n - i，用seqkit fx2tab -n -i 在名字后面会带有空格 可依据名字或者序列移除重复序列 ...
2.4. 根据ID提取序列 seqkit grep 参数 # 选取有起始密码子的序列seqkit grep -s -r -i -p ^atg ex.fa# 根据ID提取序列seqkit grep -f list ex.fa > new.fa# 简并碱基使用。S 代表C or G.seqkit grep -s -d -i -p TTSAA# 匹配限定到某区域seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG#...
seqkit stats*.f{a,q}.gz # 结果如下图 示例 2.4. 根据ID提取序列 代码语言:javascript 复制 seqkit grep 参数 代码语言:javascript 复制 # 选取有起始密码子的序列 seqkit grep-s-r-i-p^atg ex.fa # 根据ID提取序列 seqkit grep-f list ex.fa>new.fa ...
1.3 从ID提取序列和motif定位SeqKit的 grep命令允许你根据ID、正则表达式或特定模式精准提取序列，而 locate则用于motif定位，支持模糊匹配和正向/反向搜索。1.4 文件操作：查找相同序列与切割文件当你需要比较多个文件中相同序列时，common命令能帮到你，它可以按ID或全名匹配，同时提供内存优化选项。此外，...
seqkit grep 一条序列 Linux系统中grep命令是一种强大的文本搜索工具,它能使用正则表达式搜索文本,并把匹 配的行打印出来。grep全称是Global Regular Expression Print,表示全局正则表达式版本,它的使用权限是所有用户。 grep的工作方式是这样的,它在一个或多个文件中搜索字符串模板。如果模板包括空格,则必须被引用,...