准备包含序列ID的文件: 创建一个包含你想要提取的序列ID的文件,例如ids.txt,内容如下: plaintext id1 id3 使用seqkit的grep命令提取序列: 使用seqkit的grep命令,结合-f参数指定包含ID的文件,来提取与这些ID匹配的序列。命令如下: bash seqkit grep -f ids.txt sequences.fasta 运行此命令后,输出将包含与ids....
1、cut:切分操作(可以切分出一整列) 2、grep:检索(可以使用正则表达式) 3、sort:排序(可以对整列排序) 4、wc:统计字符、字数、行数 5、uniq:去重(只去除连续的重复值) 6、tee:双向重定向 7、split:文件切分(按字节大小、按行等) 8、xargs:参数代换(结合pipe使用) 9、tr、替换、压缩和删除 2、具体操作...
1. seqkit 软件根据序列id，从fa文件中提取序列 conda install -c bioconda seqkit seqkit grep -f ge...
# 选取有起始密码子的序列seqkit grep -s -r -i -p ^atg ex.fa# 根据ID提取序列seqkit grep -f list ex.fa > new.fa# 简并碱基使用。S 代表C or G.seqkit grep -s -d -i -p TTSAA# 匹配限定到某区域seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG# 2.5. motif定位 seqkit locate [flags]...
grep-根据ID/名称/序列/motif 搜索序列,且允许错配locate-定位子序列/motif,且允许错配fish-使用局部比对算法在较大序列中寻找短序列,并输出位置4)集合操作head-打印fasta/q前多少行range-打印指定范围内(start:end)fasta/qsample-抽一定数量或比例序列rmdup-通过id/名称/序列 来去除重复的序列duplicate-复制N次...
2.3. 序列信息统计 代码语言:javascript 复制 # 序列长度分布统计 seqkit stat[flags] 参数 代码语言:javascript 复制 # 统计信息 seqkit stats*.f{a,q}.gz # 结果如下图 示例 2.4. 根据ID提取序列 代码语言:javascript 复制 seqkit grep 参数 代码语言:javascript ...
seqkit 软件根据序列ID删除指定的序列 001、 单个删除 (base) [root@pc1 test1]# ls a.fa (base) [root@pc1 test1]# cat a.fa## 测试文件>chr1 tttcccggg>chr2 tttgggjjj cccjjjjjj>chr3 ccc>chr4 aaaaatt (base) [root@pc1 test1]# seqkit grep -v -p"chr1"a.fa## 删除chr1>chr2...
seqkit seq test.fa#查看 fa文件 seqkit translate test.fa > protein.fa #转化为蛋白序列 seqkit translate test.fa --trim >protein.fa #去除* seqkit grep -f test_id.txt test.fa -o new_test.fa #根据id提取序列 seqkit seq hairpin.fa.gz -n -i #展示序列ID...
faidx 创建FASTA索引文件并提取子序列 fish 使用局部比对在较大的序列中寻找短序列 fq2fa 转换FASTQ到FASTA fx2tab 将FASTA/Q转换为表格格式(包含长度/GC含量/GC偏好) genautocomplete 生成shell自动完成脚本 grep 通过ID/name/sequence/sequence motif搜索序列,允许错配 ...
# 选取有起始密码子的序列 seqkit grep -s -r -i -p ^atg ex.fa # 根据ID提取序列 seqkit grep -f list ex.fa > new.fa # 简并碱基使用。S 代表C or G. seqkit grep -s -d -i -p TTSAA # 匹配限定到某区域 seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG# ...