1.1 序列操作SeqKit提供了丰富的命令行选项，如 seqkit seq，让你轻松处理序列。例如，-p用于获取互补序列，--dna2rna转换DNA为RNA，-l转换为小写，-g移除组装序列中的间隙，-r反向序列，--rna2dna则用于RNA转DNA。你还可以控制每行输出的碱基数，如 seqkit seq ex.fasta -w 60，或者指定长度切...
seqkit seq [flags] file 参数: -p, --complement 取互补序列 --dna2rna DNA to RNA -l, --lower-case 将序列以小写字母形式输出 -g, --remove-gaps 移除组装序列中的gap -r, --reverse 取反向序列 --rna2dna RNA to DNA -u, --upper-case 将序列以大写字母形式输出 ...
seqkitseq[flags]file 参数 代码语言:shell 复制 # 将序列转换为一行输出seqkitseqex.fasta-w0>test.fasta# 每行输出指定碱基nseqkitseq-wn ex.fasta# DNA序列转换为RNA序列seqkitseq--dna2rnaex.fasta# 取反向互补,切每行100碱基seqkitseq-w100-p-rex.fasta>test.fasta 2.2. 格式转换 fa2fa 代码语言:shell ...
Update qtlseq to 2.2.5#51172: Updates themeta.yamlfile for theqtlseqpackage, reflecting a version increment and checksum modifications. Update qtlseq to 2.2.8#51471: This PR updates theqtlseqpackage's version and SHA256 checksum, consistent with the changes made in theseqkitpackage'smeta.yaml...
seqkit sample -p 0.001 duplicated-reads.fq.gz 用于匹配需要的序列 按照文件中名字匹配（一行只能存储一个名字）seqkit grep -f id.txt duplicated-reads.fq.gz 注意保存序列名用seqkit seq -n - i，用seqkit fx2tab -n -i 在名字后面会带有空格 可依据名字或者序列移除重复序列 ...
seqkit stats -a and seqkit seq -g -G: change default gap letters from '- ' to '- .' seqkit subseq: fix bug of range overflow when using -d/--down-stream or -u/--up-stream for retieving subseq using BED (--beb) or GTF (--gtf) file. seqkit locate: add flag -G/--non-gre...
编辑和排序：replace修改序列，rename重命名，sort进行序列排序。 具体用法：通过添加环境变量调用，如`export PATH=path:$PATH`，并参照各种命令的参数选项进行操作，例如`seqkit seq -w 100 test.fa`以100碱基为行输出序列。例如，对文件进行长度统计和筛选特定序列：- seqkit fx2tab -l -g -n -i...
(start:end)打印fasta/q的记录 **sample** 通过数量或比例来体验序列 **rmdup** 通过id/名称/序列 来去除复制的序列 **duplicate** 复制N次的序列 **common** 通过id/名称/序列 发现多条序列中共有的序列 **split** 通过id/seq region/size/parts (mainly for FASTA) 将序列劈开成文件 **split2** ...
seqkit seq [flags] file 参数:-p, --complement 取互补序列 --dna2rna DNA to RNA -l, --lower-case 将序列以⼩写字母形式输出 -g, --remove-gaps 移除组装序列中的gap -r, --reverse 取反向序列 --rna2dna RNA to DNA -u, --upper-case 将序列以⼤写字母形式输出 -w, --line-width int...
You can remove them with "seqkit seq -g": seqkit seq -g input.fasta | seqkit stats @@ -826,7 +826,7 @@ Usage ```text compute message digest for all sequences in FASTA/Q files Attentions: Attention: 1. Sequence headers and qualities are skipped, only sequences matter. 2. The ...